メダカのゲノム多様性解析により，現生の南日本メダカは北部九州に起源をもつことを，私たちは明らかにしてきました．また，北日本メダカも兵庫県北部但馬丹後地方に起源をもつ可能性を示しました．それでは，日本列島に生息するこれらメダカの祖先はどこからきたのでしょうか？私たちはゲノム情報を用いて，そのようなメダカの集団史を明らかにすることを目指しています．メダカの集団史を明らかにすることはメダカをヒト集団のモデルとするためには必要な情報です．現在の遺伝的多様性を形作った集団史上のイベント（環境適応や移住など）において，どれがヒトやメダカ特異的なイベントで，どれが共通したイベントなのでしょうか？