Pondok Pesantren Modern berfungsi sebagai lembaga pendidikan yang berfokus pada pengembangan ulama yang tidak hanya cerdas, tetapi juga berakhlak mulia. Berbeda dengan sekolah-sekolah lainnya, MBS Poncowati berkomitmen untuk memberikan pendidikan yang seimbang, yang merupakan kebutuhan dasar setiap individu. Pendidikan yang mampu meningkatkan derajat seseorang adalah pendidikan yang mendekatkan mereka kepada Allah, bermanfaat bagi orang lain, dan mencetak karakter yang baik. Keseimbangan antara keimanan, pengetahuan, dan akhlak adalah kunci pendidikan yang menyeluruh, yang akan membantu peserta didik meraih kebahagiaan di dunia dan akhirat. Selain itu, MBS Poncowati melatih kecerdasan peserta didiknya melalui tiga aspek: IQ, EQ, dan SQ, dengan pendekatan pendidikan yang kompetitif, keterlibatan dalam organisasi, serta pembiasaan dalam ibadah wajib dan sunnah yang dipantau oleh para ustadz dan ustadzah. Dengan demikian, MBS Poncowati hadir di tengah masyarakat Islam untuk mengarahkan pendidikan menuju ridha Allah dan mencetak generasi Robbani yang kuat iman, tinggi ilmu, dan mulia akhlaknya.
Menjadi Lembaga Pendidikan Islam yang mempersiapkan kader pemimpin dan ulama Berdasarkan Al-Qur'an dan As-Sunnah.