Tiene como Misión cultivar el conocimiento de las Ciencias Químicas, Biológicas y Biotecnológicas, así como atender las necesidades docentes que se generen en las distintas facultades y escuelas de la Universidad Autónoma de Chile en sus distintas sedes. Además, busca mantener una presencia permanente en la investigación científica a través de proyectos con financiamiento interno y externo. A través de estos trabajos y proyectos, generar investigación, producir innovación, dar valor añadido y promover el desarrollo del sector agroalimentario, a través de la investigación aplicada en diferentes áreas del conocimiento. Generar nuevos resultados para ser publicados en capítulos de libros o revistas científicas, transferir este conocimiento a través de la difusión oral y escrita, difundir nuevas y mejores tecnologías para brindar estrategias que mejoren la competitividad del país.