กศน.ตำบลแม่ฮี้ อยู่ในความรับผิดชอบของศูนย์การศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัยอำเภอปาย สังกัดสำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัยจังหวัดแม่ฮ่องสอน ในปี พ.ศ.2548 ในสมัยก่อนยังไม่มีศูนย์การเรียนเป็นหลักแหล่ง การจัดการศึกษาจึงมีความยากลำบากพอสมควร การจัดการเรียนการสอนให้บริการด้านการศึกษานอกโรงเรียน ทั้งระดับชั้นประถมศึกษา ชั้นมัธยมศึกษาตอนต้นและชั้นมัธยมศึกษาตนปลาย แต่ด้วยความต้องการศึกษาของประชาชนมีเพิ่มมากขึ้นและเพื่อเป็นการยกระดับการศึกษาให้ประชาชนในพื้นที่เป้าหมาย ในปี พ.ศ.2553 ได้รับความอนุเคราะห์จากองค์การบริหารส่วนตำบลแม่ฮี้ ให้ใช้สถานที่ศูนย์ฝึกอาชีพชุมชนตำบลแม่ฮ้ (บ้านห้วยแก้ว) หมู่ที่ 6 ตำบลแม่ฮี้ อำเภอปาย จังหวัดแม่องสอน และรัฐบายโดยกระทรวงศึกษาธิการ มีนโยบายในการดเร่งดำเนินการจัดตั้ง กศน.ตำบล เพื่อเป็นกลไกที่มีศักยภาพในการมรส่วนร่วมขับเคลื่อนการปฏิรูปการศึกษาในทศวรรษที่สอง (พ.ศ.2552-2561) ศูนย์การเรียนชุมชนตำบลแม่ฮี้จึงเปลี่ยนสถานะเป็น กศน.ตำบล จึงได้ดำเนินการจัดพิธีเปิดป้าย กศน.ตำบลแม่ฮี้ขึ้น ซึ่งมีนางศุภลักษณ์ ใจงาม ตำแหน่งครูอาสาสมัคร เป็นผู้รับผิดชอบดูแล กศน.ตำบลแม่ฮี้ เนื่องจาก กศน.ตำบลแม่ฮี้ ยังไม่ได้รับการจัดสรรตำแหน่งครู กศน.ตำบลแม่ฮี้ ต่อมาในเดือนกรกฎาคม 2557 กศน.ตำบลแม่ฮี้ได้รับการจัดสรรตำแหน่งครู กศน.ตำบลแม่ฮี้ โดยมีนางสาวกนกนุช ธยาธ์ เป็นครู กศน.ตำบลแม่ฮี้ และขอย้ายสถานที่จัดตั้ง กศน.ตำบลแม่ฮี้ มาอยู่ที่บ้านทรายขาว หมู่ที่ 2 ตำบลแม่ฮี้ อำเภอปาย จังหวัดแม่ฮ่องสอน เพื่อให้ กศน.ตำบลแม่ฮี้ มีอาคารศูนย์การเรียนรู้ที่เป็นเอกเทศ โดยแยกออกจากศูนย์ฝึกอาชีพชุมชนตำบลแม่ฮี้ ต่อมาในปี 2559 ได้มีการเปลี่ยนแปลงสถานที่องค์การบริหารส่วนตำบลแม่ฮี้ ครู กศน.ตำบลแม่ฮี้จึงได้มีการบันทึกข้อความขอความอนุเคราะห์เพื่ออนุญาตใช้อาคารศูนย์อาสาสมัครป้องกันฝ่ายพลเรือนบ้านแม่ฮี้ (อพปร.บ้านแม่ฮิ้) เพื่อจัดตั้งเป็น ศูนย์ กศน.ตำบล และได้รับความนุเคราะห์จากองค์การบริหารส่วนตำบลแม่ฮี้จนถึงปัจจุบัน และในวันที่ 1 ตุลาคม 2559 ได้มีคำสั่งจากสำนักงาน กศน.จังหวัดแม่ฮ่องสอน ให้มีการโยกย้ายและสับเปลี่ยนตำแหน่งครู กศน.ตำบล โดยมีนายพิสิษฐ์พล อุแสงศรี มาปฏิบัติหน้าที่และสานต่อภารกิจงาน กศน.ตำบลร่วมกับหน่วยงานต้นสังกัดและภาคีเครือข่ายด้าการจัดการศึกษาจนถึงปัจจุบัน