El museo alberga una impresionante colección de manufacturas de orfebrería y cerámica de la época precolombina. La Sala de Oro resguarda valiosos objetos, como piezas de orfebrería, joyería y arte precolombino elaborados en oro, plata y otros metales preciosos. Esta colección abarca desde tiempos prehispánicos hasta la época colonial y republicana, e incluye diademas, pectorales, orejeras y adornos para mantas y vestimenta, que se atribuyen a la cultura incaica.

La Sala de Plata exhibe objetos de uso religioso y ceremonial de diversas culturas, como la Aymara, Mollo, Wankarani, Chiripa, Tiwanaku e Inca.