Desde su conceptualización, se estableció como objetivo que el Museo de Arte de Puerto Rico (MAPR) contara con todos los parámetros museográficos y de conservación, a fin de albergar, exponer y preservar, para el disfrute de esta y de futuras generaciones, el patrimonio artístico puertorriqueño. El proyecto fue diseñado por los arquitectos Otto Reyes y Luis Gutiérrez, y estuvo dirigido por la profesora Adlín Ríos Rigau. Desde su fase inicial, el proyecto contó con asesores expertos en distintas áreas: Teresa Brigantti (registraduría), Doreen Colón (educación), así como Rafael Reyes Ayala y Sol E. Rivera Delgado (conservación).

Gracias a la asesoría de estos últimos, el diseño del Museo fue adaptado pensando en la conservación de la colección que alberga. El MAPR no solo cuenta con una División de Conservación, sino también con un sistema central de control de temperatura y de humedad que mantiene la temperatura interior del edificio en 70° Fahrenheit y la humedad en 50%. Diariamente el sistema graba la información en gráficas que son monitoreadas y archivadas cada dos semanas. Además, el Museo cuenta con un generador que enciende automáticamente cuando se interrumpe el servicio de energía eléctrica.

Respecto a la División de Conservación del MAPR, esta ocupa un área aproximada de 3,588 pies cuadrados, divididos en tres talleres de conservación y restauración de pinturas, obras en papel y esculturas. Así mismo, cuenta con áreas para aplicación de barnizados, reintegración de color, documentación fotográfica y análisis químico. El espacio está equipado con tecnología para analizar la condición de las obras, diagnosticar y aplicar los tratamientos necesarios.