Mercredi 1er Juillet 2020,15h10-17h40
Site principal de JOBIM: https://jobim2020.sciencesconf.org
Les avantages du séquençage de troisième génération, illustré par Oxford Nanopore, ne sont plus à démontrer. Les longues lectures permettent de résoudre la structure de génomes complexes, tels que les génomes polyploïdes ou avec un grand nombre de régions répétées. Côté transcriptome, elles offrent une meilleure description des ARN et de la modélisation de la transcription alternative. Toutefois, l'analyse de ces données de séquençage reste difficile sur le plan informatique en raison du taux élevé d'erreurs de séquençage (environ 10 %), du volume des données et de la complexité intrinsèque des objets biologiques concernés.
L'objectif de ce mini-symposium est de faire le point sur les questions bioinformatiques soulevées par l'analyse des longues lectures et les contributions récentes qui ont été proposées pour résoudre ces questions. Un accent particulier sera mis sur le séquençage d'ARN ou d'ADN complémentaire.
15:10 - Introduction
15:15 - Chromosome-scale assemblies using Nanopore long reads and Bionano optical maps, Benjamin Istace (CEA/Genoscope) PDF
15:40 - Oxford Nanopore data analysis at IBENS Genomics core facility, Charlotte Berthelier, Laurent Jourdren, Sophie Lemoine (Plateforme génomique, Institut de Biologie de l'ENS, IBENS) PDF
16:05 - Single Cell Isoform-level profiling (10xGenomics scRNAseq and Nanopore long read sequencing), Kevin Lebrigand (UCAGenomiX, Functional Genomics Platform of Nice-Sophia-Antipolis) PDF
16:30 - A short review of error-correction tools for Nanopore RNA-seq data, Rayan Chikhi (Institut Pasteur) PDF
16:50 - Transcript-level aware long read correction, Lucile Broséus (Institut de Génétique Humaine, Montpellier) PDF
17:10 - Transcriptome profiling of mouse samples using Nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules: an update, Eric Cumunel (LBBE, Lyon) PDF
17:25 - Gene and isoform clustering for Nanopore RNA reads, Quentin Bonenfant (CRIStAL, Lille) PDF
Les longs reads sont partout.
Exposé jeudi 2 juillet, 11:00 - 11:20, Long-read error correction: a survey and qualitative comparison - Pierre Morisse
Exposé jeudi 2 juillet, 12:00 - 12:20, Overcoming uncollapsed haplotypes in long-read assemblies of non-model organisms - Nadège Guiglielmoni
Posters
108: Evaluation of tools and strategy for the assembly of an allopolyploid banana genome using nanopore technology
131: Benchmarking of Minion long read assembly tools to produce a high-quality genome of Pseudogynoascus destructans, a pathogen fungus with a high proportion of repetitive elements
143: Improving microbial taxonomic profiling with long read technologies
149: Bacterial strains identification using Oxford Nanopore sequencing
174: Hybrid de novo genome assembly using Oxford Nanopore Technology, 10X Genomics Linked-Reads sequencing, and Bionano optical map of a non-model species: the case of the melon-cotton aphid Aphis gossypii
176: My RNA-tailor is rich : fine modeling of alternative transcripts from long reads
179: CulebrONT, a snakemake pipeline to benchmark Oxford Nanopore Technologies assemblies and to improve quality control
181: Benchmark of multiple sequence alignment methods applied on third-generation sequencing
182: Improving scRNA-seq analysis in poorly-annotated genomes with matching long-read transcriptome
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Jean-Marc Aury, CEA/Genoscope
Vincent Lacroix, Université Lyon 1, LBBE
Hélène Touzet, CNRS, CRIStAL