Rasmol - Molekulare Strukturen

Rasmol

Rasmol ist eine Software unter Linux um molekulare Strukturen zu visualisieren.

Informationen

Den Mensch reizt die Neugierde, er will alles verstehen und alles sehen - ein Problem - viele Dinge können wir mit unseren eigenen Augen nicht sehen weil diese einfach zu klein sind, dazu zählen Moleküle, um solch kleine molekulare Strukturen sehen zu können braucht man schon sehr teure elektronische Mikroskope - so genannte Elektronenmikroskope.

Es gibt im Internet zahlreiche Datenbanken die den Aufbau solcher molekularen Strukturen beschreiben, man benötigt nur eine Software die mit diesen Daten umgehen und visualisieren kann, eine solche Software ist Rasmol.

Rasmol installieren

Unter auf Debian basierenden Linux-Distributionen wie Ubuntu, Kubuntu, Linux Mint und so weiter installieren Sie diese Software ganz einfach über die Paket-Verwaltung durch das Paket "rasmol".

Rasmol nutzen

Nach der Installation finden Sie diese Software im Anwendungsmenü im Bereich Wissenschaft / Bildung, alternativ nutzen Sie den Schnellstarter (Alt + F2) oder das Terminal mit dem Befehl:

rasmol-gtk
Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux

Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux

Wie schon beschrieben dient die Software zur Visualisierung solch kleiner Strukturen, die Daten muss man sich selbst besorgen. Solche findet man in verschiedenen Datenbanken im Internet wie etwa der Protein Data Bank. Die Software kann mit PDB-Dateien umgehen (Datei-Endung ".pdb"), man wählt also dieses Format (öffnet sich nur eine Text-Seite im Webbrowser klickt man einfach rechts in die Seite und wählt "Speichern unter"). Mit dem Menü "File / Open" öffnet man nun die herunter geladene Datei:

Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux - Standard-Ansicht

Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux - Standard-Ansicht

Klicken wir nun links in das Fenster und ziehen mit der Maus lässt sich die Ansicht in jede Perspektive drehen, klicken wir rechts lässt sich das komplette Gebilde verschieben. Drücken Sie die Umschalt-Taste (Shift), klicken links und ziehen mit der Maus passen Sie den Zoom an. Drücken Sie die Strg-Taste und ziehen mit der Maus lassen sich die Daten verringern oder erhöhen:

Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux - Ansicht anpassen

Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux - Ansicht anpassen

Über das Menü "Display" lässt sich die Struktur wie gewünscht in verschiedenen Arten visualisieren:

Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux - Ansicht anpassen - Sticks

Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux - Ansicht anpassen - Sticks

Im Bild oben etwa die Ansicht "Sticks" oder im nächsten Bild die Ansicht "Cartoons":

Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux - Ansicht anpassen - Cartoons

Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux - Ansicht anpassen - Cartoons

Über das Menü "Colors" wiederum passen Sie die Farben an um die unterschiedlichen Strukturen besser zu erkennen:

Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux - Ansicht anpassen - Farben

Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux - Ansicht anpassen - Farben

Mit dem Menü "Options" lassen Sie sich zusätzliche Daten unterschiedlicher Art anzeigen wie etwa hier Beschriftungen der einzelnen Strukturen:

Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux - Ansicht anpassen - Zusätzliche Informationen

Rasmol - Software zur visualisierung von molekularen Strukturen unter Linux - Ansicht anpassen - Zusätzliche Informationen

Die Software ist sehr einfach zu nutzen und bietet viele verschiedene Methoden um molekulare Strukturen zu visualisieren, mehr zu dieser Software finden Sie in deren Handbuch.