La segunda temporada comienza con las consecuencias de la batalla de los Ninja contra la Serpentina. Después de derrotar al Gran Devorador, Lord Garmadon huyó traicioneramente y abandonó a Wu y a los Ninjas con las Armas Doradas, ahora conspirando contra ellos y poniendo en marcha sus malvados planes de conquistar la ciudad, habiendo tomado el mando de la Serpentina. Reuniendo a los Serpentines restantes bajo su mando, Lord Garmadon viaja a los Picos Dorados. En los Picos Dorados, lugar de nacimiento de las armas, une las cuatro armas y las forja en una Mega Arma aún más poderosa.