Algún tiempo después de Crystalized, un fenómeno conocido como "La fusión" combina Ninjago con el resto de los dieciséis reinos de la creación. Años más tarde, Lloyd se hace amigo de dos civiles: Arin y Sora, el primero, un fanático de los Ninja, y el segundo, un tecnópata del reino totalitario del Imperio. Los tres tienen la tarea de encontrar al resto de los ninjas dispersos y luchar contra las Garras del Imperio, que codician a los Dragones de la Fuente para drenar su energía elemental como recurso.