Het heiligdom van Loyola is een complex rond het geboortehuis van de heilige Ignatius van Loyola.
Ignatius van Loyola, werd in 1491 als Iñigo Oñaz geboren in het kasteel van Loyola als zoon van de heer van Loyola, Beltrán Ibáñez de Oñaz en van María Sánchez de Licona. Hij bracht de eerste van jaren van zijn leven hier door. Toen hij in 1521 hevige verwondingen aan zijn been opliep bij de verdediging van Pamplona tegen de Fransen, was het ook in het kasteel van Loyola dat Ignatius zijn geestelijke ommekeer doormaakte, die zijn leven zou bepalen en die later de basis zou zijn voor de Geestelijke Oefeningen.
Ignatius van Loyola was de zoon van een Spaanse edelman die tijdens zijn jonge jaren een losbandig leven zou hebben geleid. Zijn levensverhaal kende een grote ommekeer in 1521 tijdens de Franse belegering van Pamplona waar hij de Spaanse troepen aanvoerde. Een kanonskogel vloog tussen zijn benen door en verwondde zijn beide benen. Tijdens zijn ziekbed ontdekte hij verschillende bewegingen in zijn diepere affectiviteit, al naargelang de aard van de verschillende soorten literatuur die hij las. Dit was het begin van wat hij later, in zijn geestelijke oefeningen, de onderscheiding der geesten noemde.[1] Na zijn herstel ondernam hij in 1534 met zes anderen vanuit Parijs een pelgrimsreis naar Palestina. Loyola werd in 1537 te Venetië tot priester gewijd. In maart 1522 bezocht hij het Benedictijner klooster van Santa Maria de Montserrat. Daar beschouwde hij zorgvuldig zijn vroegere zonden, bekende, gaf zijn mooie kleren aan de armen die hij ontmoette, droeg ‘kleding van jute’ en hing vervolgens zijn zwaard en dolk aan het altaar van de Maagd tijdens een nachtelijke wake bij het heiligdom. Van Montserrat liep hij door naar het nabijgelegen stadje Manresa (Catalonië), waar hij ongeveer een jaar leefde, bedelde voor zijn levensonderhoud, en uiteindelijk klusjes deed in een plaatselijk ziekenhuis in ruil voor eten en onderdak. Gedurende verschillende maanden bracht hij veel van zijn tijd door met bidden in een grot in de buurt, waar hij rigoureuze ascese uitoefende, zeven uur per dag bad en de fundamenten van zijn spirituele oefeningen formuleerde. Het boek De navolging van Christus (De imitatione Christi) droeg hij altijd bij zich.
Hij overleed in 1556. Na zijn heiligverklaring in 1622 werd hij begraven in de jezuïetenkerk il Gesù en werd voor hem de kerk Sant'Ignazio opgericht, eveneens in Rome.
In Loyola, in Spaans Baskenland, zijn geboorteplek, werd een klooster en een kerk gebouwd, gewijd aan Ignatius, waarnaar bedevaarten worden ondernomen.