Yayasan Syubbanul Wathon Magelang diprakarsai berdirinya oleh KH. Abdurrahman Chudlori merupakan putra sulung KH. Chudlori bin Ihsan yang merupakan muassis Asrama Perguruan Islam (API) Pondok Pesantren Salaf Tegalrejo. Yayasan Syubbanul Wathon berdiri dengan akta nomor: 18 tanggal 31 Januari 2000 oleh Notaris Purwanto, SH, dengan pembaruan akta nomor: 8, tanggal 26 Desember 2006 oleh Notaris Sunariningsih, SH dengan Pengesahan Akta Pendirian Yayasan di Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia