碩士論文審查分為「碩士論文計畫書審查」及「碩士學位論文審查」，各置審查委員三人，指導教授為當然委員。
研究生應於碩士學位考試前三個月通過「碩士論文計畫書審查」。
碩士論文計畫書審查申請期限為學位考試前一學期最後一個工作日
研究生申請「碩士論文計畫書審查」，應備齊「臺灣學術倫理教育資源中心修課證明」、「生物醫學工程學系碩士班研究生論文研究計畫書」及「碩士論文專業領域審查表」提交本系。
碩士論文計畫書審查申請文件(請於申請期限內繳交至系辦)
1.臺灣學術倫理教育資源中心修課證明(PDF)
2.生物醫學工程學系碩士班研究生論文研究計畫書(書面資料雙面列印)
3.碩士論文專業領域審查表(DOC)
碩士論文經論文原創比對系統(turnitin)比對結果不得高於 20%。論文比對報告應於離校前經指導教授於空白處簽核後裝訂於碩士論文內， 並繳交至系辦公室備查。
送交國家圖書館學位論文以公開為原則，但涉及機密、專利事項或依法不得提供者，得檢具國家圖書館學位論文延後公開申請書，經研究生事務委員會議及系務會議通過，陳請校長核定後，始得延後公開或不公開。