創薬化学研究をサポート

インシリコ創薬受託研究サービス

MFDDインシリコ創薬受託研究サービスは、単純な受託計算ではなく、事前に検証や論文調査を行い、最先端の構造ベース創薬（SBDD）やリガンドベース創薬（LBDD）、次世代の量子化学創薬（QMDD）などのインシリコ創薬技術を駆使して、お客様に最善の手法を提案します。

コア技術

生体高分子システム立体構造からのリガンド結合部位予測、構造ベースファーマコフォア予測、生体高分子間相互作用部位予測に関する特許を取得しており、これら手法および構造ベースファーマコフォアとリガンドベースファーマコフォアとの重ね合わせによる高精度ドッキングシミュレーション、構造ベーススクリーニング、リガンドベーススクリーニング、構造ベースファーマコフォアを用いたデノボデザインなどの応用技術に関する権利を保有しています。

対応技術

ホモロジー検索、アミノ酸配列アラインメント解析、ホモロジーモデリング、タンパク質二次構造予測、立体構造予測、生体高分子立体構造精密化、核酸（DNA、RNA）モデリング、ペプチドモデリング、複雑な生体高分子システムモデリング、分子動力学計算、分子シミュレーション、リガンド結合部位予測、基質結合部位予測、相互作用部位予測、分子ドッキング、誘導適合効果(インデュースドフィット)を考慮した生体高分子システム及びリガンドフレキシブルドッキング、タンパク質-リガンドドッキング、核酸-リガンドドッキング、タンパク質-タンパク質(ペプチド)ドッキング、化合物ライブラリー構築、化合物データベース作成、三次元化合物ライブラリー構築、インシリコスクリーニング、バーチャルスクリーニング、精密ドッキングスタディー解析、構造ベースファーマコフォア予測、結合様式予測、生体分子及び低分子の量子化学計算、フラグメント分子軌道計算、全系量子化学計算、インターフラグメント相互作用解析、QM/MM計算、ONIOM計算、電子相関MP2レベルでの振動解析による結合自由エネルギー計算、リガンドベースファーマコフォア予測、ファーマコフォアモデリング、ファーマコフォアベースバーチャルスクリーニング、リガンドベースバーチャルスクリーニング、類似化合物検索、部分構造検索、類似構造探索、活性化合物からの標的予測(逆引き予測)、定量的構造活性相関解析、3D QSAR、ROC分析、分子設計、ドラッグデザイン、リード最適化、遷移状態解析、NBO解析、反応座標解析、合成ルート検索、逆合成による合成ルートデザイン、生体分子ネットワーク・パスウェイ解析などを駆使して創薬化学研究の課題解決をトータルにサポートします。

分子機能研究所概要

分子機能研究所は1986年から1992年に九州大学大学院農学研究科農芸化学農業薬剤化学江藤守総研究室（1994年アメリカ化学会農薬研究国際賞受賞、2004年瑞宝中綬章叙勲受賞）とその流れを汲む九州共立大学工学部環境化学生態化学吉川博道研究室での遷移状態アナログ薬剤や生物制御化合物の合成・生物活性と分子設計研究、特に、植物発芽生長開花と昆虫変態に関する細胞組織の分化・増殖・恒常性にかかわる受容体発見を目指した有機合成化学を基盤とする研究から始まり、1992年から2001年までは東京大学大学院薬学系研究科薬化学首藤紘一研究室（2005年タミバロテン承認、2010年瑞宝中綬章叙勲受賞）で有機合成化学を基盤とした動物の発生・分化・増殖・恒常性にかかわるレチノイン酸受容体を主とする核内受容体を標的とした実験創薬化学、特に、レチノイド化学を展開、1998年からはポストゲノム創薬を先導する「コンピュータ分子設計法の高度化とその有効性の実験的検証研究」に関する国家プロジェクト（医薬品副作用被害救済・研究振興調査機構、東京大学分子細胞生物学研究所生体有機化学研究分野橋本祐一研究室）に参画し、1980年代からコンピュータ薬物分子設計（CADD）システムの研究分野を牽引してきた東京大学薬学部医薬分子設計学板井昭子研究室、東京大学発ベンチャー株式会社医薬分子設計研究所から2003年に独立し、それまで確立した手順のなかったホモロジーモデリング過程を科学的根拠に基づいて2005年に世界で最初に標準化した国産初のホモロジーモデリングソフトを研究開発製品化し （商用としては現在も国産唯一のホモロジーモデリングソフト）  、また、2006年には世界で初めて生体高分子側のインデュースドフィット効果も取り扱え、かつ、試行化合物の電荷をコンフォメーション毎に任意半経験分子軌道法でアサインしながらドッキングできる商用としては現在も国産唯一のドッキングシミュレーションソフト及びこれをクラスター化したバーチャルスクリーニングシステムを研究開発製品化してる民間の研究機関です。インシリコ創薬、特に構造ベース創薬で画期的生物制御化合物（発生と細胞組織の分化・増殖を高度に制御するミラクルドラッグ）発見を目指しています。創薬基盤技術の更なる高度化と国内外オープンソースプログラムや商用プログラムを統合した革新的インシリコ創薬システム開発、及び、国内外研究機関との受託研究や共同研究で長年の豊富な実績があります。加えて、新規生物活性化合物（医農薬品）や分子標的発見、基盤である基礎有機化学（理論有機化学）では計算化学を駆使して医農薬品を目的通りに合成するための立体選択性起源の統一理論完成やビルディングブロックとしてのカルボラン化学、カルボラン生物活性化合物分野のパイオニアとしての実験創薬化学の長年の豊富な実績もあります。ドラッグリポジショニングやドラッグリユージングの戦略により、ドラッグラグやドラッグロスの課題解決にも取り組んでいます。副作用を抑制する目的で受容体サブタイプ選択性問題に取り組んでおり、次世代インシリコ創薬技術である量子化学創薬（QMDD）技術の開発を進めており、複数の成功事例を論文発表しています。QMDD技術を普及させることで、AI創薬が今後ますます高精度化することが期待されます。新型コロナウイルス（COVID-19）治療薬研究では世界初の大規模インシリコスクリーニングを実施し、SARS-CoV-2複製増殖抑制や感染予防に関する研究成果を国内外にいち早く発信しています。

分子機能研究所は、研究と教育を主な事業内容とし、創薬基盤技術の高度化と実験的検証研究を推進し、科学技術振興と社会貢献の観点から営利を第一目的とせず、創薬化学分野の人材育成を目的とする事業を展開しています。

事業内容

 創薬化学研究、構造ベース創薬システム研究開発・販売、インシリコ創薬受託研究・コンサルティング、受託計算化学、創薬化学分野の人材育成事業

設立

2003年7月

インボイス制度

適格請求書発行事業者

代表

辻一徳　博士（薬学）　東京大学

大阪大学招聘教員兼任、横浜国立大学非常勤教員兼任、東京医科歯科大学・東京科学大学非常勤講師兼任（2017-2025）