シングルセル遺伝子発現データのノイズ削減

シングルセル遺伝子発現解析（scRNA-seq）とは，１細胞ごとのすべてのRNA発現量をデータ化する実験技術で、そのデータはシングルセル遺伝子発現データと呼ばれます．シングルセル遺伝子発現データは次元（遺伝子数）が非常に高く，検出率のばらつきに基づくノイズ（ランダムサンプリングノイズ）が発生することから，距離や統計量の計算でノイズが蓄積することで真の構造が得られない次元の呪いが発生します．本研究室では高次元統計学に基づいて，シングルセル遺伝子発現データのノイズ削減手法RECODEを開発しています．

文献 

• Y Imoto, T Nakamura, E G Escolar, M Yoshiwaki, Y Kojima, Y Yabuta, Y Katou, T Yamamoto, Y Hiraoka, M Saitou. Resolution of the curse of dimensionality in single-cell RNA sequencing data analysis. Life Science Alliance, Vol. 5 (12), e202201591, August 9, 2022.  
  doi: https://dx.doi.org/10.26508/lsa.202201591

• Y Imoto. Comprehensive Noise Reduction in Single-Cell Data with the RECODE Platform. bioRxiv:20.1101/2024.04.18.590054, submitted April 18, 2024.
  doi: https://doi.org/10.1101/2024.04.18.590054