Preprints
A novel measure of time series data pattern based on persistent homology that can detect the trend change of the daily all-cause mortality in Tokyo after the temperature rise. Preprint at In Review (Research Square).
Novel definition and quantitative analysis of branch structure with topological data analysis. Preprint at arXiv2402.07436
Publications
Haruhisa Oda, Vanessa Robins, and Donato Vicendese. Seeing the Unseen: Quantifying 3D Airway Branching from Lung CT Scans. European Respiratory Journal 66(suppl 69) (2025) PA4163.
生命のかたちを捉えるデータ解析--トポロジカルデータ解析. 医学のあゆみ 2024年7月
Haruhisa Oda. Persistent homological 3D cell detection. JSIAM Letters 16 (2024) 25-28. https://doi.org/10.14495/jsiaml.16.25
Haruhisa Oda, Kazuo Tonami, Yoichi Nakata, Naoko Takubo, and Hiroki Kurihara. Persistent homological cell tracking technology. Scientific Reports 13 (2023) 10882. https://doi.org/10.1038/s41598-023-37760-3 (Direct link to text: https://rdcu.be/df6rI)
Haruhisa Oda. Counting and detecting figures using persistent homology. JSIAM Letters 15 (2023) 33-36. https://doi.org/10.14495/jsiaml.15.33
Presentations
Upcoming presentations
Time series objecet detection with periodic boundary persistent homology. IEEE International Conference on Industrial Engineering and Engineering Management. Dec 2025.
Topology and Biomedicine: The Future of Fusion Research. 第48回日本分子生物学会年会 ミニシンポジウム Future of mathematical data science driven biomedical research. Dec 2025.
Past presentations
臨床画像解析への数理的アプローチ. 第1回数理科学と生命科学の交流会. Oct 2025.
Seeing the Unseen: Quantifying 3D airway branching from lung CT scans. The ERS Congress 2025.
Computational Pathology with Topological Data Analysis. 第84回日本癌学会学術総会. Sep 2025.
Persistent homology tool for branch structure analysis. 日本応用数理学会年会. Sep 2025.
Topology enhances classical figure detection. 5th International Conference on Electrical, Computer and Energy Technologies (ICECET 2025). Jul 2025.
パーシステントホモロジー(PH)による図形検出の拡張. 日本応用数理学会研究部会連合発表会. Mar 2025.
TDA As Image Analysis Tool (TAIAT) Project: "Usable" TDA for bioresearch. 第47回日本分子生物学会年会. Nov 2024.
TDAに基づく胚細胞膜画像のセグメンテーションおよびトラッキング技術. 日本応用数理学会年会. Sep 2024.
周期境界パーシステントホモロジーと時系列データ物体検出. 日本応用数理学会年会. Sep 2024.
画像解析ツールとしてのTDA. 日本応用数理学会年会. Sep 2024.
2D & 3D segmentation of embryo membrane images using persistent homology. Seminar at ASHBi. May 2024.
Topology & Medicine. Seminar at ASHBi. April 2024.
TDAに基づく医学データ解析ツール開発. 日本応用数理学会第20回研究部会連合発表会 位相的データ解析研究部会. 2024年3月.
医学データのかたち:トポロジカルデータ解析. 東大リトリート 有馬聡記念フェローシップ受賞記念講演. 2024年2月
医学データのかたち:トポロジカルデータ解析. 東大リトリート ポスター発表. 2024年2月
A novel method for vessel analysis based on topological data analysis. 第31回日本血管生物医学会学術集会 YIAセッション. 2023年12月
トポロジカルデータ解析：生命科学データ解析の新領域（Topological data Analysis: the new field of biological data analysis）. 第46回日本分子生物学会年会 ポスター発表. 2023年12月
トポロジカルデータ解析：生命科学データ解析の新領域（Topological data Analysis: the new field of biological data analysis）. 第46回日本分子生物学会年会 公募シンポジウム 「分子生物学のためのロボット生物学」. 2023年12月
Persistent homological cell tracking technology. Department Seminar. September 2023.
Persistent homological figure detection technology and the latest status of its applications. ICIAM 2023 Tokyo. August 2023. Accepted Poster – ICIAM 2023 Tokyo
Medical image analysis with persistence diagram and generalized persistence landscape. TDA week 2023. July 2023. TDA week 2023 - Posters (google.com)
パーシステントホモロジーによる図形検出技術の応用（顕微鏡画像を中心として）. 日本応用数理学会第19回研究部会連合発表会 位相的データ解析研究部会. 2023年3月.第19回 研究部会連合発表会 : 日本応用数理学会 (jsiam.org)
パーシステントホモロジーによる図形の数え上げ. 日本応用数理学会 若手の会 第7回学生研究発表会. 2022年3月. 第7回学生研究発表会 – 日本応用数理学会 若手の会 (jsiam.org)