Last updated: 2024.9.17
奥出 絃太 （おくで げんた）
国立遺伝学研究所 ゲノム・進化研究系 生態遺伝学研究室
特任研究員（ポスドク）
国立遺伝学研究所 ゲノム・進化研究系 生態遺伝学研究室（北野研究室）
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
E-mail : gentaokude(at)gmail.com / gentaokude(at)nig.ac.jp
＜主な研究内容＞
（2021.4～）トゲウオ科魚類の雑種異常や婚姻色形成に関する分子メカニズムの解明にとりくんでいます。ヒストン修飾にも興味があります。
（2016.4～）トンボの変態・体色形成に関する分子生物学・発生学的な研究を中心に、トンボに関するいろいろな研究をしています。
＜経歴＞
1993年4月 誕生
2012年3月 北嶺高校 卒業（北海道札幌市）
2012年4月 東京大学教養学部理科2類 入学
2014年4月 東京大学理学部生物学科（B系）進学
2016年3月 同 卒業 (卒研指導教員：久保健雄)
2016年4月 東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻 修士課程 入学（指導教員：深津武馬）
2018年3月 同 卒業
2018年4月 東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻 博士課程 入学（指導教員：深津武馬）
2021年3月 同 卒業：博士（理学）取得
2021年4月 国立遺伝学研究所 ゲノム・進化研究系 生態遺伝学研究室 参加 (日本学術振興会特別研究員PD～特任研究員)
＜職歴＞
2017年4月～2021年3月 東京大学ライフイノベーション・リーディング大学院「GPLLI」採用
2018年4月～2021年3月 日本学術振興会特別研究員DC1 採用
2021年4月～2024年3月 日本学術振興会特別研究員PD 採用
2024年4月～ 国立遺伝学研究所 生態遺伝学研究室 特任研究員
＜査読あり英語原著論文＞
¶: 責任著者, *: 同等貢献
16. Okude G¶, Yamasaki YY, Toyoda A, Mori S, Kitano J¶. Genome-wide analysis of histone modifications can contribute to the identification of candidate cis-regulatory regions in the threespine stickleback fish. BMC Genomics, 25: 685.
イトヨ（魚）のプロジェクトを始めて、最初の論文が出ました。CUT&Tag法を用いてイトヨのヒストンのメチル化領域を全ゲノムレベルで同定しました。遺伝子のプロモーターやエンハンサーは特定のヒストン修飾を示すため、岐阜の淡水集団（ハリヨ）と北海道の太平洋集団を比較し、いくつかの遺伝子のプロモーターやエンハンサーの候補領域に転移因子による挿入/欠失があることを見出しました。
日本語の研究紹介はこちらです。
15. Kiefer JST, Bauer E, Okude G, Fukatsu T, Kaltenpoth M, Engl T. (2023) Cuticle supplementation and nitrogen recycling by a dual bacterial symbiosis in a family of xylophagous beetles. The ISME Journal, 17: 1029-1039.
14. Sasamoto A, Kotabe A, Takuma Y, Kawashima I, Okude G, Futahashi R. (2022) Description of larva of Anax ephippiger (Burmeister,1839) from Japan, including changes and developments in external morphology (Odonata: Aeshnidae). Tombo, 65: 28-37.
13. Okude G¶, Moriyama M, Kawahara-Miki R, Yajima S, Fukatsu T, Futahashi R¶. (2022) Molecular mechanisms underlying metamorphosis in the most ancestral winged insect. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 119 (9): e2114773119.
トンボの幼虫ー成虫変態を制御する分子機構を明らかにしました。
日本語のプレスリリースはこちらです。
12. Takahashi M, Okude G, Futahashi R, Takahashi Y, Kawata M. (2021) The effect of the doublesex gene in body color masculinization of the damselfly Ischnura senegalensis. Biology Letters, 17: 20200761.
11. Okude G¶, Fukatsu T, Futahashi R¶. (2021) Comprehensive comparative morphology and developmental staging of final instar larvae toward metamorphosis in the insect order Odonata. Scientific Reports, 11: 5124.
14科49種158個体の主に終齢幼虫期のヤゴの形態変化を毎日写真撮影し、その変態の進行過程を詳細に比較観察しました。
→Scientific Reports誌の2021年の「Top 100 in Ecology」collectionに選ばれました！（40位）
10. Okude G¶, Fukatsu T, Futahashi R¶. (2021) Electroporation-mediated RNA interference method in Odonata. Journal of Visualized Experiments, 168: e61952.
トンボの表皮における、エレクトロポレーションを併用したRNAi法についての詳細なプロトコルを報告しました。
9. Noda T, Okude G, Meng XY, Koga R, Moriyama M, Fukatsu T. (2020) Bacteriocytes and Blattabacterium endosymbionts of the German cockroach Blattella germanica, the forest cockroach Blattella nipponica, and other cockroach species. Zoological Science, 37(5): 1-12.
8. Okude G, Futahashi R. (2020) Interspecific hybrid between Paracercion sieboldii and P. melanotum from Japan. Notulae Odonatologicae, 9(5): 204-208.
茨城県で（たまたま）ムスジイトトンボとオオイトトンボの雑種を採集し、報告しました。日本におけるイトトンボ科の雑種のはじめての野外採集例となりました。
7. Okude G¶, Fukatsu T, Futahashi R¶. (2020) Interspecific crossing between blue-tailed damselflies Ischnura elegans and I. senegalensis in the laboratory. Entomological Science, 23(2): 165-172.
日本で同所的に生息していない、北海道産のマンシュウイトトンボとつくば産のアオモンイトトンボを一緒に研究室内で飼育することにより、種間雑種を作り出せることを報告しました。日本におけるトンボのはじめての雑種作出例となりました。
6. Futahashi R, Yamahama Y, Kawaguchi M, Mori N, Ishii D, Okude G, Hirai Y, Kawahara-Miki R, Yoshitake K, Yajima S, Hariyama T, Fukatsu T. (2019) Molecular basis of wax-based color change and UV reflection in dragonflies. eLife, 8: e43045.
5. Hirota B, Okude G, Anbutsu H, Futahashi R, Moriyama M, Meng XY, Nikoh N, Koga R, Fukatsu T. (2017) A novel, extremely elongated, and endocellular bacterial symbiont supports cuticle formation of a grain pest beetle. mBio, 8(5): e01482-17.
4. Okude G¶, Koga R, Hayashi T, Nishide Y, Meng XY, Nikoh N, Miyanoshita A, Fukatsu T¶. (2017) Novel bacteriocyte-associated pleomorphic symbiont of the grain pest beetle Rhyzopertha dominica (Coleoptera: Bostrichidae). Zoological Letters, 3: 13.
貯穀害虫である甲虫コナナガシンクイの必須共生細菌の局在と同定をおこないました。中腸近傍の"菌細胞塊"に、特定のフラボバクテリアの一種を保持していました。
3. Okude G¶, Futahashi R¶, Tanahashi M, Fukatsu T. (2017) Laboratory rearing system for Ischnura senegalensis (Insecta: Odonata) enables detailed description of dragonfly’s larval development and morphogenesis. Zoological Science, 34(5): 386–397.
アオモンイトトンボを実験室内で個別飼育した際の、脱皮の回数や変態の進行過程を詳細に記載しました。118個体それぞれの成長過程を約4ヶ月に渡って毎日観察しました。細胞培養用のマルチウェルプレートを用いることにより、共食いを避けた個別飼育に成功しました。これらの基礎的な実験系・情報をもとに、アオモンイトトンボをモデル種としてトンボの分子生物学的な研究をすすめております。
→Zoological Science誌の論文賞「Zoological Science Award 2018」を受賞し、オープンアクセスにして頂けました！
2. Okude G*, Futahashi R*, Kawahara-Miki R, Yoshitake K, Yajima S, Fukatsu T. (2017) Electroporation-mediated RNA interference reveals a role of multicopper oxidase 2 gene in dragonfly’s cuticular pigmentation. Applied Entomology and Zoology, 53(3): 379–387.
ハッチョウトンボを用いて、エレクトロポレーションを併用したRNAi法による遺伝子の機能解析法を確立しました。トンボにおいては、初めての遺伝子の機能解析例になります。本論文で確立した手法を用いて、様々な種のトンボで様々な遺伝子の機能解析をおこなっています。
1. Suenami S, Paul KR, Takeuchi H, Okude G, Fujiyuki T, Shirai K, Kubo T. (2016) Analysis of the differentiation of Kenyon Cell subtypes using three mushroom body-preferential genes during metamorphosis in the honeybee (Apis mellifera L.). PLoS ONE, 11(6): e0157841.
＜査読あり英語総説論文＞
R4. Kitano J, Okude G. (2024) Causative genes of intrinsic hybrid incompatibility in animals and plants: What we have learned about speciation from the molecular perspective. Evolutionary Journal of the Linnean Society, kzae022.
これまでに知られている雑種異常を引き起こす原因遺伝子を、北野さんとリストアップし、その傾向をまとめました。日本語の解説記事はこちらです。
R3. Reifová R, Ament-Velásquez SL, Bourgeois Y, Coughlan J, Kulmuni J, Lipinska AP, Okude G, Stevison L, Yoshida K, Kitano J. (2023) Mechanisms of Intrinsic Postzygotic Isolation: From Traditional Genic and Chromosomal Views to Genomic and Epigenetic Perspectives. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 15: a041607.
R2. Futahashi R, Koshikawa S, Okude G, Osanai-Futahashi M. (2022) Diversity of melanin synthesis genes in insects. Advances in Insect Physiology, 62: 339–376.
R1. Okude G¶, Futahashi R¶. (2021) Pigmentation and color pattern diversity in Odonata. Current Opinion in Genetics and Development, 69: 14–20.
トンボの体色形成に関する最近の知見について、二橋亮 主任研究員（産総研）とまとめました。
＜プレプリント＞
1. Uchiyama H, Takasu Y, Moriyama M, Yoshitake K, Uchiyama H, Iizuka T, Uchino K, Okude G, Banno Y, Kuwazaki S, Yamamoto K, Yajima S, Sezutsu H, Tamura T, Futahashi R, Osanai-Futahashi M. (2023) A novel monocarboxylate transporter involved in 3-hydroxykynurenine transport for ommochrome coloration. https://doi.org/10.1101/2023.06.01.543243
＜和文（査読有り）＞
10. 奥出絃太・二橋亮 (2024) 幼虫飼育容器に被せた不織布の種類とコシアキトンボの羽化率の関係. TOMBO, 67: 119–120.
9. 奥出絃太・二橋亮 (2023) トンボの終齢幼虫の形態変化と変態制御遺伝子. TOMBO, 66: 1–12.
8. 詫間 由一・奥出 絃太・二橋 亮 (2021) 過剰脱皮したミヤマサナエの終齢幼虫とアオモンイトトンボの亜終齢幼虫. TOMBO, 63: 68–71.
7. 奥出絃太・渡辺賢一・二橋亮 (2020) 石垣島産ナンヨウベッコウトンボのDNA解析. TOMBO, 62: 106-108.
6. 玉田明洋・奥出絃太・二橋亮 (2019) 新潟県で採集された翅の一部が白濁したニホンカワトンボ. TOMBO, 61: 41–43.
5. 二橋亮・二橋弘之・奥出絃太 (2018) 同時期に採集された別親由来のスジボソギンヤンマ(2)．Aeschna, 54: 45–46.
4. 杉村光俊・奥出絃太・二橋亮 (2018) 過去に外部形態から推定された種間雑種3例のDNA解析. TOMBO, 60: 53–56.
3. 奥出絃太・二橋亮・鵜殿清文 (2018) 1962年に採集されたマユタテアカネとミヤマアカネの種間雑種のDNA 解析. TOMBO, 60: 50–52.
2. 二橋亮・奥出絃太・杉村光俊・鵜飼貞行 (2018) 日本国内から記録されたトンボの種間雑種. TOMBO, 60: 1–49.
1. 後藤日出人・二橋亮・奥出絃太 (2017) 茨城県4市町でエゾイトトンボ（トンボ目、イトトンボ科）を確認. 茨城県自然博物館研究報告, 20: 35–36.
＜和文（査読なし）＞
1. 奥出絃太 (2018) トンボの脱皮変態機構の解明に向けた実験系の確立. 昆虫と自然 53(5).
＜国際会議における発表（査読あり）＞
7. Okude G○, Moriyama M, Fukatsu T, Futahashi R. Molecular mechanisms underlying yellow color formation in dragonflies. ICE2024 Kyoto (Symposium: Genetics and Genomics: Frontiers in Research on the Molecular Basis underlying the Diversity of Insect Color Patterns) （口頭発表）2024年8月27日＠京都
→ Presentation Awards for Young Scientists を受賞しました！
6. Okude G○, Kitano J. Developmental and molecular mechanisms of hybrid male sterility between two sympatric stickleback species. Gordon Research Conference, Speciation (The Origin and Persistence of Species). （ポスター発表）2023年1月@ルッカ, イタリア
5. Okude G○, Kitano J. Developmental and molecular mechanisms of hybrid male sterility between two sympatric stickleback species. Gordon Research Seminar, Speciation (The Origin and Persistence of Species). （口頭発表）2023年1月@ルッカ, イタリア
4. Okude G○, Moriyama M, Fukatsu T, Futahashi R. Molecular mechanisms underlying metamorphosis in the insect order Odonata. The 2nd AsiaEvo Conference.（ポスター発表）2021年8月＠オンライン
3. Okude G○, Futahashi R, Fukatsu T. Molecular mechanisms of metamorphosis in dragonflies. The 4th International Insect Hormone Workshop. （口頭発表）2019年7月＠クレタ島, ギリシャ
→学生最優秀口頭発表賞を受賞しました！
2. Okude G○, Futahashi R, Fukatsu T. Establishment of experimental systems toward understanding metamorphosis in dragonflies. The 46th Naito Conference（口頭発表＆ポスター発表）2018年10月＠札幌
→優秀発表賞を受賞しました！
1. Okude G○, Futahashi R, Tanahashi M, Fukatsu T. Detailed description of larval development and morphogenesis in the dragonfly Ischnura senegalensis. The 3rd International Insect Hormone Workshop. （口頭発表） 2017年7月＠那須
→優秀口頭発表賞を受賞しました！
＜国内学会やシンポジウム・研究集会などにおける招待講演＞
7. 奥出絃太〇、森山 実、深津 武馬、二橋 亮「トンボの黄色い体色を作り出す分子基盤の解明」日本動物学会第95回長崎大会：シンポジウム「小さな動物から紐解く意外性の動物学～若き研究者たちの挑戦～」（口頭発表）2024年9月13日
6. 奥出絃太〇「トンボの変態と体色形成の分子メカニズム: 非モデル生物の飼育から遺伝子の機能解析まで」生命科学研究科個体ダイナミクスセミナー 2023年10月19日＠仙台（東北大）
5. 奥出絃太○、二橋亮、森山実、川原玲香、矢嶋俊介、深津武馬「トンボの変態を制御する分子機構」第45回分子生物学会年会 ワークショップ 虫の会まじめ版9 2022年12月2日＠幕張
4. 奥出絃太〇「好きだから始めた、トンボの研究」聞かせて！研究の裏話~あなたはなぜ・どうしてその研究を？~ 2022年9月7日＠新宿
3. 奥出絃太〇「RNAseqを用いて、トンボにおける変態の分子基盤を明らかにする」2022年度 ROIS DS JOINT 共同研究集会「昆虫における次世代シーケンスデータ解析および公共データベース利用」2022年9月1日＠柏の葉
2. 奥出絃太〇「RNAseqとRNAi を用いた、非モデル生物トンボにおける変態と体色形成の分子基盤の解明」日本動物学会関東支部第73回大会 公開シンポジウム「最新技術を使った動物学研究の最前線」 （オンライン口頭発表）2021年3月20日
1. 奥出絃太○「トンボの変態を制御する分子機構の解明に向けて」日本動物学会第90回大阪大会 2019年度本部企画シンポジウム「Zoological Science Award：若き動物学徒の登竜門」（口頭発表）2019年9月＠大阪
＜国内学会における一般発表（発表者として発表した/するもの）＞
20. 奥出絃太○、細木拓也、山﨑曜、永野惇、豊田敦、北野潤「イトヨとニホンイトヨにおける雑種オス不妊をもたらす、ゲノム領域の探索」日本動物学会第95回長崎大会（口頭発表）2024年9月12日
19. 奥出絃太○、北野潤「同所的に生息するイトヨ近縁種間のヒストン修飾領域の比較」第26回日本進化学会神奈川大会（ポスター発表）2024年8月21日-23日
18. 奥出絃太○「精巣のシングルセルRNAseqを用いた、イトヨ属魚類近縁種間の雑種オス不妊機構の解析」2023年度「先進ゲノム支援」拡大班会議＠横浜（ポスター発表）2023年12月25日-26日
17. 奥出絃太○、森山実、深津武馬、二橋亮「トンボの黄色い模様を作り出す分子基盤の解明」日本動物学会令和 5 年度中部支部大会＠三重（ポスター発表）2023年12月2日-3日
16. 奥出絃太〇、細木拓也、豊田敦、北野潤「イトヨとニホンイトヨにおける雑種オス不妊メカニズムの解明に向けた、精巣組織および遺伝子発現の比較解析」日本動物学会第94回山形大会 （口頭発表）2023年9月7日
15. 奥出絃太〇、森誠一、豊田敦、北野潤「イトヨのオスの赤い婚姻色特異的な遺伝子の発現解析」日本動物学会第93回早稲田大会（口頭発表） 2022年9月10日
14. 奥出絃太〇、山﨑曜、豊田敦、北野潤「イトヨにおけるヒストンの各種メチル化領域の同定系の確立と遺伝子発現との相関」日本進化学会第24回沼津大会 （口頭発表）2022年8月6日
13. 奥出絃太○、深津武馬、二橋亮「トンボの変態および体色形成に関与する脱皮ホルモン関連転写因子の機能解析」日本動物学会第92回大会2021（オンラインポスター発表）2021年9月
12. 奥出絃太○、深津武馬、二橋亮「様々なトンボの終齢幼虫期における変態に伴う形態変化の比較」第20回東京大学生命科学シンポジウム（オンライン発表）2020月10月
→ポスター賞を受賞しました！
11. 奥出絃太○、森山実、深津武馬、二橋亮「アオモンイトトンボの腹部「青紋」を作り出す分子基盤」日本進化学会第22回オンライン大会（オンラインポスター発表）2020年9月
→ポスター発表賞優秀賞を受賞しました！
10. 奥出絃太○、森山実、深津武馬、二橋亮「トンボの黄色い体色を作り出す分子基盤の解明」 日本動物学会第91回大会2020（オンラインポスター発表） 2020年9月
9. 奥出絃太○、二橋亮、深津武馬「トンボの変態および体色形成に関与する遺伝子の機能解析」第64回日本応用動物昆虫学会大会（ポスター発表）2020年3月＠名古屋（中止）
8. 奥出絃太○、森山実、二橋亮、深津武馬「トンボの黄色い体斑形成に関与する分子基盤」日本進化学会第21回大会（英語口頭発表）2019年8月＠札幌
→口頭発表最優秀賞を受賞しました！
7. 奥出絃太○、二橋亮、森山実、川原玲香、矢嶋俊介、深津武馬「トンボにおいて幼虫・成虫特異的に発現する遺伝子の機能解析」第63回日本応用動物昆虫学会大会（ポスター発表）2019年3月＠つくば
→優秀ポスター賞を受賞しました！
6. 奥出絃太○、二橋亮、森山実、川原玲香、矢嶋俊介、深津武馬「アオモンイトトンボにおける幼虫―成虫変態に関与する遺伝子の同定と機能解析」日本動物学会第89回札幌大会（口頭発表）2018年9月＠札幌（地震のため中止）
5. 奥出絃太○、二橋亮、森山実、川原玲香、矢嶋俊介、深津武馬「トンボの幼虫―成虫変態に関与する分子基盤の解明に向けて」第62回日本応用動物昆虫学会大会（口頭発表）2018年3月＠鹿児島
4. 奥出絃太○、「トンボの脱皮・変態機構の解明に向けた実験系の確立」第5回生態進化発生コロキウム（口頭発表）2017年12月＠東京
3. 奥出絃太○、二橋亮、棚橋薫彦、川原玲香、矢嶋俊介、深津武馬「アオモンイトトンボの脱皮・変態に伴う形態および遺伝子発現の比較解析」日本動物学会第88回富山大会（口頭発表）2017年9月、＠富山
2. 奥出絃太○、二橋亮、棚橋薫彦、深津武馬「Establishment of laboratory rearing system and electroporation-mediated RNA interference method in dragonflies.」第17回東京大学生命科学シンポジウム（ポスター発表）2017年4月、＠東京
1. 奥出絃太○、二橋亮、川原玲香、吉武和敏、矢嶋俊介、深津武馬「トンボにおけるエレクトロポレーション法を用いたRNAiによる機能阻害系の確立」第61回日本応用動物昆虫学会大会（ポスター発表）2017年3月＠大阪
→優秀ポスター賞を受賞しました！
＜受賞＞
18. Presentation Awards for Young Scientists, ICE2024 Kyoto （2024年）HP
17. 2024年度日本進化学会研究奨励賞（2024年）HP
16. 第39回井上研究奨励賞（2022年12月）HP
15. 成茂動物科学振興賞（2022年）HP
14. 東京大学大学院理学系研究科研究奨励賞（博士課程） (2021年3月) HP
13. 第11回（令和２年度）日本学術振興会 育志賞 (2021年1月) HP
12. 第20回東京大学生命科学シンポジウム ポスター賞 (2020年10月)
11. 日本進化学会第22回オンライン大会 ポスター発表賞優秀賞 (2020年9月)
10. 日本進化学会第21回大会 口頭発表最優秀賞 (2019年8月) HP
9. The 4th International Insect Hormone Workshop 1st Prize for Student Oral Presentation (2019年7月)
8. 第63回日本応用動物昆虫学会大会 ポスター賞 (2019年6月) HP
7. Zoological Science Award 2018 (2018年12月) HP
6. Poster Award for Excellence, The 46th Naito Conference (2018年10月)
5. 東京大学大学院理学系研究科研究奨励賞（修士課程） (2018年3月) HP
4. The 3rd International Insect Hormone Workshop EXCELLENT PRESENTATION AWARDS (2017年7月) HP
3. Graduate Program for Leaders in Life Innovation (GPPLI) 5th General Meeting BEST POSTER AWARD (2017年6月)
2. 東京大学理学系研究科生物科学専攻リトリート2017 優秀口頭発表賞 (2017年3月)
1. 第61回日本応用動物昆虫学会大会 ポスター賞 (2017年3月) HP
0. 第16回全国中学・高校ディベート選手権 高校の部 ベストディベーター賞 （北嶺高校としては優勝）(2011年8月) HP