マラソン型プログラミングコンテスト
DNA配列解析チャレンジ
アルゴリズムの力で生命科学の最先端に挑む！

コンテスト期間：2021年8月23日～9月20日

結果発表＆入賞者講演：2021年9月29日（水）16:30 - 18:00
（2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・一般公開セッション）

開催概要

今年度の日本バイオインフォマティクス学会年会に合わせて，マラソン型のプログラミングコンテストを開催します．コンテスト期間は８月中旬から９月中旬を予定しており，学会最終日の一般公開セッションにおいて成績発表および，成績優秀者による講演を実施します．このセッションは，競技プログラミング愛好家と生命情報科学の研究者が一堂に会する貴重な場となることでしょう．

コンテストでは先端生命科学の現場で行われている解析の中から，プログラミングやアルゴリズムの問題として十分楽しめるものを出題します．また，実際のヒトDNA配列を用いることを検討しています．腕に覚えのある人々が競い合うことにより，最先端の解析手法を上回る答案が生み出されることを期待しています．皆さん，ぜひ奮ってご参加ください！

※ 当コンテストはAtCoder上のサイトにて開催予定です．（作問は当コンテスト運営側で行い，AtCoderは関与しません．）

メーリングリスト登録

コンテストに関する最新の情報は以下のメーリングリストより配信します．参加者数の予測に役立ちますので，参加をご検討の方はぜひご登録下さい！
こちらのページで「参加する」をクリックしてください．（Googleアカウントへのログインが必要となります．）

開催趣旨

最先端の医学はデータ解析

DNAが担う遺伝情報は4種の文字から構成される文字列（塩基配列）で記述することができます．つまり，塩基配列は“生命の設計図”そのものです．近年，DNAから塩基配列を読み出すコストが劇的に下がり，膨大なデータが生み出されています．ヒトの設計図であれば30億文字，文庫本にして約3万冊の分量がありますが，数千人，数万人規模で塩基配列を収集する研究も稀ではありません．これら塩基配列を詳細に分析することにより，様々な生命現象を解き明かす手がかりを得られます．例えば，ガンをはじめとする様々な疾患の原因遺伝子は大量の塩基配列の詳細な比較により発見することができます．

アルゴリズムが病気の原因を解明

今，生命科学で強く求められているのは，膨大な塩基配列データを超高速，超精密に分析することのできる革新的なアルゴリズムです．塩基配列は一般に馴染みのあるデータには見えないかもしれませんが，分析に必要とされるのはパターンの発見や比較など，自然言語の解析と同様の（でも少し異なる特徴も持つ）文字列処理です．現在，最も重要な塩基配列解析の手法は，プログラミングコンテストでもお馴染みの接尾辞木／配列に基づくものであり，最先端のアルゴリズムが病気の原因を解明しているといっても過言ではありません．

相手は文字列だ．恐れるに足らず．

塩基配列の解析で解くべき問題は，アルゴリズムに工夫のし甲斐があるものばかりです．本コンテストでは，解析の現場で扱われている問題を出題しますが，生命科学の非専門家が問題を理解できるように注意深く翻訳します．参加者は生命科学への敷居の高さを感じることはないでしょう．運営・企画側は，分野外の人が塩基配列解析を楽しんで頂けることを望んでいます．また，様々なアルゴリズムを自在に操る優秀な人材がこの分野に興味を持ってくれることを期待しています．あなたの答案が生命科学を発展させるかもしれません．多くの方の参加をお待ちしています．

コンテスト実行委員


後援／協賛

日本バイオインフォマティクス学会
情報処理学会バイオ情報学研究会
Oxford Nanopore Technologies Ltd.