細胞治療則是給予病人某一類特定細胞，來治療病人疾病。細胞的製造過程會影響到細胞的有效數量、安全性及效果，而且每一個細胞製備場所 (Cell Processing Unit, CPU) 製造出來的每一批細胞，在數量、品質、安全性、效果上，都有差異。 

 細胞治療依其目的，可分為兩類：

•  癌症治療：擴增病人本人的免疫細胞，再回輸病人體內，以殺死癌細胞。

•  再生醫學：利用幹細胞的分化及增生特性，來修補器官或組織損傷，可以使用自體細胞，也可以使用異體細胞。

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擴增病人本人的免疫細胞，再回輸病人體內，以殺死癌細胞。通常免疫細胞治療癌症均使用自體細胞。病人需抽取週邊血100ml左右，分離出要使用的免疫細胞，經過1~2週培養，可得到大量擴增的免疫細胞，再回輸病人體內，讓細胞發揮抗癌效果。因為細胞來自病人自身，HLA組織抗原相同，因此不會產生排斥。 

利用幹細胞的分化及增生特性，來修補器官或組織損傷，可以使用自體細胞，也可以使用異體細胞。在幹細胞的再生醫學研究方面，目前真正有產品，且可以使用在臨床治療上的，是間質幹細胞(MSC)，iPS細胞 (誘導型多功能幹細胞)仍然在臨床試驗階段。 

為了讓細胞治療技術可以早日應用於有需要之國人，衛生福利部於2018.9.4修正特定醫療技術檢查檢驗醫療儀器施行或使用管理辦法(簡稱特管辦法)，將國外已施行、風險性低，或已經於國內實施人體試驗累積達一定個案數，安全性可確定、成效可預期之細胞治療項目，開放使用於個案。

安全性是開放使用時最重要的考量，因此開放項目以自體細胞為主，可以免去異體排斥的疑慮；也排除經過基因工程處理的細胞種類，因為這種經過複雜程序處理的細胞有比較高的潛在風險。

不在開放範圍的細胞治療，不能用來治療一般病患。病友若想要接受不屬於開放項目的細胞治療，必須參與臨床試驗成為受試者才行。不在開放範圍的細胞治療，可以在累積足夠的療效安全資料後，向衛生福利部提出申請增列為開放項目，或是依循醫藥產品查驗登記途徑申請上市許可。

目前開放的治療都是自體細胞，必須先取得患者自己的細胞，經過處理後再行回輸或回植。取得細胞的方式，依治療項目不同，有抽血、透析、切片等方式。回輸或回植的方式有靜脈注射、患部局部注射、手術植入等。這些醫療處置或多或少都有些風險，治療前必須詳細了解。

細胞培養有可能失敗，萬一無法培養出足夠細胞時，可能必須重新取得細胞重新培養，若不能重新培養，可能必須退費。重新培養或退費的規定，會寫在「治療同意書和技術說明書」中，作為處理的依據。

細胞培養通常需要數周的時間，培養出來的細胞也有保存期限，有些病患可能在細胞培養過程中病情發生變化，無法在預定期間或保存期間接受治療，也會產生費用處理問題。這些事項同樣會清楚寫在治療同意書及技術說明書中，決定治療前應詳細閱讀。