Audit Aplikasi dan Infrastruktur dapat dilakukan secara terpisah. Tidak semua aplikasi khusus dan Infrastruktur yang direkomendasikan untuk diaudit diajukan secara serentak, bergantung pada kondisi internal IPPD.

Penyelenggaraan Audit SPBE dapat dilakukan secara daring (online) dan kunjungan lapangan (offline).

Untuk memudahkan pelaksanaan audit, BRIN mengembangkan aplikasi Instrumen Audit (Audit tools) yang digunakan untuk komunikasi antara Auditor dan Auditee. Instrument Audit ini digunakan untuk menjawab pertanyaan yang dilakukan Auditor baik yang berupa pertanyaan standar (minimal) yang mengacu pada Kriteria Penilaian yang ada pada Perban BRIN maupun pertanyaan tambahan yang digunakan oleh Auditor.

Aplikasi ini juga dapat digunakan oleh IPPD untuk mengunggah dokumen atas jawaban pertanyaan tersebut. Aplikasi ini juga dapat digunakan untuk mengeluarkan laporan standar Audit SPBE dan dapat dibagi pakai.

Lama penyelenggaraan audit yang terdiri dari tahap persiapan, tahap pelaksanaan dan tahap pelaporan bergantung dari kesepakatan antara auditor dan auditee, dan lingkup auditnya.

Laporan audit internal dilaporkan kepada Koordinator SPBE IPPD, dan untuk laporan audit oleh Latik Swasta terakreditasi diberikan ke IPPD sebagai Auditee.

Laporan audit berupa temuan dan rekomendasi. Tentu hasil audit sangat tergantung pada kondisi saat ini ketika dialakukan audit. Sehingga kompleksitasnya sangat tergantung pada kondisi saat ini, dan solusi audit yang tertuang dalam rekomendasi hasil audit disesuaikan dengan tujuan SPBE.

Pada tahap persiapan, yang perlu dipersiapkan adalah:

• Menentukan ruang lingkup audit dan menyusun Audit Plan;

• Penyusunan Tim (Tim Auditor dan tim Auditee);

• Persetujuan dan Finalisasi Audit Plan;

• Mengumpulkan kriteria teknis dan peraturan perundang-undangan;

• Mengumpulkan dokumen-dokumen yang diperlukan sesuai yang dituangkan dalam Audit Plan.

Layanan berkaitan dengan aplikasi layanan publik yang sangat tergantung dari instansi yang diaudit. Mengingat aplikasi di satu instansi sangat banyak, maka sebaiknya diprioritaskan untuk diaudit adalah aplikasi layanan publik. Pada dasarnya aplikasi SPBE terdiri dari dua yaitu layanan administrasi internal dan layanan publik. Yang perlu dilakukan audit adalah aplikasi layanan publik, jika aplikasi layanan publik sudah diaudit semua, maka layanan administrasi bisa dilakukan audit.

Jawaban harus dilakukan melalui aplikasi karena riwayat jawaban akan terekam di sistem. Sekiranya diperlukan, dapat dilakukan pertemuan secara daring atau luring, tetapi jawaban tetap harus dilakukan melalui aplikasi.

Tidak ada aplikasi lain selain Audit Tools yang dikembangkan oleh BRIN.