Audit Aplikasi mencakup Aplikasi umum dan Aplikasi khusus SPBE. Aplikasi umum adalah Aplikasi SPBE yang sama, standar, dan digunakan secara bagi pakai oleh instansi pusat dan/atau pemerintah daerah. Aplikasi Umum ditentukan oleh KemenPANRB.

Sedangkan Aplikasi khusus adalah Aplikasi SPBE yang dibangun, dikembangkan, digunakan, dan dikelola oleh instansi pusat atau pemerintah daerah tertentu untuk memenuhi kebutuhan khusus yang bukan kebutuhan instansi pusat dan pemerintah daerah lain. Aplikasi khusus ditentukan oleh IPPD (Instansi Pusat dan Pemerintah Daerah)

Lingkup (domain) dari Audit Aplikasi adalah Tatakelola, Manajemen, dan Fungsionalitas Kinerja aplikasi.

Audit Infrastruktur SPBE mencakup Infrastruktur Nasional dan Infrastruktur IPPD.

Fungsionalitas Kinerja Infrastruktur dikelompokkan menjadi Pusat Data, Jaringan Intra Pemerintah, dan Sistem Penghubung Layanan.

Lingkup (domain)dari Audit Infrastruktur SPBE adalah Fungsionalitas, Kinerja dan Aspek Lain Infrastruktur.

Audit eksternal adalah Audit yang dilakukan oleh Lembaga Pelaksana Audit TIK (LATIK) Pemerintah dan Swasta Terakreditasi, sedangkan Audit Internal adalah audit yang dilakukan oleh pegawai IPPD yang ditetapkan oleh Sekretaris Daerah atau Sekretaris Utama Instansi.