Audit Aplikasi Umum dilakukan oleh BRIN sebagai Lembaga Audit TIK (LATIK) Pemerintah, sedangkan Audit Aplikasi Khusus dilakukan oleh Lembaga Audit TIK Swasta Terakreditasi. Audit Infrastruktur Nasional dilakukan oleh BRIN dan Audit Infrastruktur IPPD dilakukan oleh LATIK Swasta Terakreditasi.

Dalam Hal LATIK Swasta Terakreditasi belum ada atau tidak dapat melakukan Audit SPBE, BRIN dapat melakukan Audit SPBE.

Catatan:

Diwajibkan untuk melaksanakan audit internal oleh setiap IPPD sebelum meminta untuk melakukan audit eksternal.

LATIK Pemerintah dan Swasta Terakreditasi dalam melakukan Audit SPBE harus mengacu pada Peraturan Badan (Perban) BRIN yang memuat tentang Standar dan Tata Cara Pelaksanaan Audit Infrastruktur dan Aplikasi SPBE. 

Perban ini memuat kriteria minimal dalam melakukan audit; dan pengembangan pedoman audit aplikasi dan infrastruktur SPBE ini sudah mengacu pada standar teknis internasional, Standar Nasional Indonesia, serta peraturan perundangan yang berlaku seperti Perpres SPBE, Peraturan Kemenkominfo tentang Kebijakan Umum Pelaksanaan Audit TIK, serta PermenPANRB no. 59 tahun 2020 tentang Pemantauan dan Evaluasi SPBE.        

Sebelum ada perpres SPBE, para auditor bebas menetapkan metoda pengolahan datanya karena sangat ditentukan oleh lingkup audit dan tujuan audit. Semenjak ada Perpres SPBE, ketentuan mengenai lingkup audit sudah ditetapkan yaitu Tata Kelola, Manajemen, Fungsionalitas dan Kinerja, dan tujuannya adalah untuk perbaikan sesuai tujuan SPBE.        

Standarisasi fungsional dan kinerja aplikasi secara umum sudah ditetapkan yang mengacu pada standar internasional IEEE dan peraturan perundangan. Namun untuk aplikasi umum, sangat ditentukan dengan proses bisnis dari instansi yang mengeluarkan aplikasi umum dan aplikasi umum tsb sudah ditetapkan oleh KemenPANRB.

Dalam Indikator Kematangan Evaluasi SPBE, penyelenggaraan Audit SPBE dapat menaikkan nilai kematangannya pada indikator Audit, tetapi dengan syarat jika sudah dilakukan Audit Internal SPBE terlebih dahulu.

Untuk Aplikasi Umum dan Infrastruktur Nasional, Instansi Penanggung Jawab mengajukan permohonan ke BRIN untuk dilakukan Audit SPBE; sedangkan untuk Aplikasi khusus dan Infrastruktur SPBE lainnya, IPPD melakukan pengadaan Audit SPBE melalui proses pengadaan atau alternatif pembiayaan lainnya yang sesuai dengan SBU (Standar Biaya Umum).

Secara reguler, BRIN akan mengeluarkan daftar LATIK terakreditasi yang dapat melakukan Audit SPBE sesuai permintaan IPPD.

Untuk audit internal dapat dilakukan melalui email layanan audit SPBE BRIN dan melampirkan SK Tim Auditor Internal IPPD dan SK TIM Auditee IPPD dari Koordinator SPBE IPPD. Setelah diverifikasi, maka akan diberikan maksimal 5 user ID dan pasword nya.

Untuk audit eksternal dapat dilakukan melalui email layanan audit SPBE BRIN dan melampirkan bukti bahwa Pelaksana audit swasta terakreditasi sudah terdaftar di BRIN, demikian pula auditor yang akan melaksanakan audit. Setelah diverifikasi, maka akan diberikan maksimal 5 user ID dan pasword nya.

Pendanaan dilakukan menggunakan aturan perundangan yang berlaku.

Pendanaan dilakukan menggunakan aturan perundangan yang berlaku.

Jika merasa kurang yakin pada pelaksanaan audit eksternal yang dilakukan oleh lembaga audit swasta terakreditasi, maka bisa meminta kepada lembaga audit pemerintah sesuai Perpres SPBE Nomor 95 Tahun 2018, dengan memberikan alasan khusus yang disampaikan dengan surat resmi.