تجري أحداث مرجان القمر في حوالي عام 3000، عندما وصلت البشرية إلى ذروة حضارتها، لكنها تفقد إرادتها في الاستمرار في العيش.

تدور القصة حول فتاة، يطلق عليها من حولها اسم "أميرة"، تعيش في جزيرة صغيرة بها مستعمرة تضم خمسين شخصًا وشعاب مرجانية لامعة.

إنها من نسل شعب القمر، وتركز القصة على كيفية وصول سلفها المزعوم إلى الأرض.