L'Escola de Música naix amb la mateixa Banda de Música, ja que sempre hi ha hagut algú que ha ensenyat als nous músics. En els primers moments aquesta tasca la realitzaven els mateixos músics que ja formaven part de la banda, o el mateix director, que ensenyava un “poquet de tot” per a cada instrument.
Això ocorre fins al curs escolar 1992/93, on l'Escola de Música es professionalitza: augmente el nombre d'alumnat i professorat.
És el 10 de novembre de 1994, on es comença a constituir l'Escola de Música Ciutat de Peníscola, i el 20 de febrer de 1995, passa a constituir-se com una associació diferent de l'Associació Musical Verge de l'Ermitana, passant a anomenar-se Associació Cultural Escola de Música Ciutat de Peníscola.
A l'any 1999 l'Escola de Música és reconeguda per la Conselleria de Cultura, Educació i Ciència de la Generalitat Valenciana, com a centre d'ensenyament de música no reglat.
A mitjans de 2017, com a conseqüència de canvis fiscals i en benefici de totes dues entitats, les Juntes Directives van decidir tornar-les a unir en una sola associació.