Ensembl Annotation Pipeline Workshop

2017 ENSEMBL@ Taiwan

目前有報名者均已報名成功,請依地點及時間前往報到,謝謝。


在歐洲生物資訊研究所 (European Bioinformatics Institute, EBI) 例行舉辦的 Ensembl Workshop 將移師台灣舉辦。將在新竹財團法人國家實驗研究院國家高速網路與計算中心進行7天教育訓練 (2017 年 2 月 9~10, 13~17, 共計 7 天)。

Ensembl是國際上知名的基因體資訊視覺化呈現工具,使用方式是以網頁瀏覽器的方式連到固定網址,在經過查詢之後,即可找到使用者需要檢視的基因體區段。以人類基因體為例,透過簡單的設定,可以進一步瀏覽到整合自 1000genome,ENCODE,dbSNP,各種公開的 Array 實驗資料,等各種豐富資訊,可提供研究討論之用。

在鉅量實驗資料中,一般研究者已不可能一筆一筆以網頁的方式查詢研究者所感興趣的資料,透過Ensembl 應用程式介面 (API),可用寫程式的方式,過濾出重要的片段,讓原本需耗時數日、數週人工閱讀找尋的工作可在數秒內完成,甚至在調整查詢條件中亦可加入交集與聯集的相關邏輯,均可在數秒內完成,加速搜尋有意義的位點。

不論是在轉譯醫學相關研究人員,或是在農業、生物演化等研究人員,在大量找尋基因體上有意義的片段時,透過使用 Ensembl 系統,將可縮短找尋的時間,也可減少資訊系統建置與設計所增加的非領域內工作。

Ensembl系統為開放系統,研究者可自行修改、添加註解流程,或更改為私有的資料庫,可根據使用者需求客製化專屬的資料庫。教育訓練開放對象除了領域內國內外研究人員、學生外,也開放業界人士參加,希望對台灣的生技業者在基因體註解方面相關的能力有所幫助。

在本次的教育訓練中,針對 2017 年全新的 Ensembl 後端的應用程式介面 (Ensembl API),基因體註解流程 (Ensembl annotation pipeline) 和進階流程管理程序 (eHive) 操作與使用,將有進一步的介紹,並提供實作課程。


注意事項:

名額限 20 名,敬請報名從速,本次教育訓練全程英語進行,參加學員需具備基本的 Linux 系統操作能力、具 Perl 或其他直譯式語言的程式撰寫經驗、具有研習過分子生物學與核酸序列分析經驗者參加,必要時請報名者提供相關證明進行資格審查,報名成功後將會另行以 Email 通知,教育訓練免費,請參加者自行安排交通、食宿等問題。

議程

議程

時間地點

2017 Feb 9~10, 13~17

300新竹市東區研發六路7號 國家高速網路與計算中心 電腦教室

若有疑問請洽 03-577-6085#376 黃先生 或來信 wadehwang@narlabs.org.tw

主辦單位

國家實驗研究院國家高速網路與計算中心

國立中興大學生物醫學研究所

國立成功大學分子醫學研究所

國立台灣大學基因體醫學研究中心

國立陽明大學系統與合成生物學研究中心


協辦單位

國立成功大學基因體醫學中心

科技部生技類核心設施 - C1 高通量基因體暨巨量資料分析核心設施

科技部生技類核心設施 - C5 整合性功能基因體學核心實驗室

科技部生技類核心設施 - E2 轉譯醫學暨生技研發之生物資訊核心設施

生技醫藥國家型科技計畫 - GP1 基因體與蛋白質分析高速計算平台維運計畫

生技醫藥國家型科技計畫 - TR6 台灣臨床試驗生統中心,培訓中心,與藥物基因體實驗室

生技醫藥國家型科技計畫 - 計畫辦公室