O Órgão da Cripta do Santuário de Nossa Senhora da Assunção de Vilas Boas foi originalmente construído pela firma Walker para a Igreja Evangélica de Paul Gerhardt em Wellesweiler na Alemanha em 1964. Este instrumento, com características neo-barroco, é composto por 1786 tubos distribuídos por dois manuais e uma pedaleira.
A 4 de setembro de 2020 é oficializada a compra entre a comunidade alemã e o Santuário. Pelas 16 horas do dia 26 de setembro, o órgão chega ao seu futuro local. Instalado pela JMS Organaria entre outubro de 2020 e janeiro de 2021, teve um custo total de €70.327,50 suportadas pelo Município de Vila Flor e por dois benfeitores.
Foi benzido na festa da Ascensão do Senhor (16 de maio de 2021) por D. José Cordeiro tendo, nesse mesmo dia, o concerto inaugural pelo organista Marcos Brescia e a soprano Rosana Orsini.