分子生物資訊實驗室


本實驗室利用高通量資料分析癌症、肺部疾病以及致病細菌感染等問題,研究題目包含癌症資訊分析、生物資訊分析工具或資料庫開發以及微生物基因體學。透過與醫院醫師及其他研究學者合作,藉由開發或利用現有之生資工具協助醫師、研究學者找出與致病機轉、抗藥性相關的變異,期望可以透過了解這些背後機制達到治療或控制院內感染之目的。 在分析過程中,並開發相對應缺少的生資分析工具或資料庫。


實驗室進行中的計畫:

1. 發展建構預測癌症預後模型之方法:利用美國 The Cancer Genome Atlas 資料庫中轉錄體、基因體的資料建立預後預測(prognosis)的模型。

2. 開發染色質免疫沉澱定序資料之分析工具:開發分析非模式物種的染色質免疫沉澱定序分析工具。

對外合作計畫 :

1. 跨體學資料整合: 與長庚大學分子醫學研究中心合作開發整合跨基因體、轉錄體、蛋白質體資料之分析工具。

2. 致病細菌與宿主間作用關係: 與長庚醫院腎臟科合作,探討鉤端螺旋菌感染後的宿主轉錄體變化。

3. 探討內生性 RNA 競爭關係:與 Baylor College of Medicine 的研究員合作,利用已開放資料庫資料探討細胞內的內生性 RNA 間競爭的關係。

4. 多重抗藥性細菌基因體研究: 與北醫微免科老師合作, 透過全基因體定序,探討臨床分離株之多重抗藥性細菌的基因體變異。