A Dél-alföldi régió területének több mint 7%-a áll természetvédelem alatt. A régióhoz tartoznak a Kiskunsági Nemzeti Park, a Körös-Maros Nemzeti Park és a Duna-Dráva Nemzeti Park egyes területei, melyek együttesen az ország összes nemzeti park területének 21%-át adják.
Duna-Dráva Nemzeti Park
Körös-Maros Nemzeti Park
Kiskunsági Nemzeti Park