Hơn 170 năm trước, kiến trúc đình chỉ là ngôi nhà lá cho dân cư quanh vùng tới hội họp và cúng bái. Tới năm 1922, đình được trùng tu bằng mái ngói, vách ván, cột kèo gỗ theo dạng đình phổ biến ở Nam Bộ.

Tuy nhiên, năm 1968, đình Bình Đông bị phá huỷ hầu như toàn bộ kiến trúc vì chiến tranh. Trải qua nhiều lần trùng tu, đình được xây dựng lại với kết cấu bê tông cốt sắt nhưng vẫn giữ nét kiến trúc tổng thể tới nay.

Đình có các khu vực chính gồm võ ca và chánh điện nằm giữa, 2 bên có Đông và Tây lang, bên cạnh là nhà Nghĩa Từ. Khoảng sân đình rộng rãi được trồng nhiều cây xanh, 3 cổng vào đều hướng ra bờ kênh. Cổng chính được xây dựng theo kiểu tam quan, nóc đình là "lưỡng long tranh châu" thường xuất hiện trong các kiến trúc đình chùa người Việt.

Phía trước chánh điện là nhà võ ca, là nơi diễn ra các hoạt động văn nghệ trong dịp lễ hội. Chánh điện với  kiến trúc truyền thống với các gian thờ, hoành phi, câu đối. Nơi thờ cúng trong chánh điện còn lưu giữ các hiện vật như toàn bộ khám thờ thần, Tả Hữu ban, Hội đồng, bộ bát bửu... Ở 2 bên chánh điện là hình 2 con ngựa đen và trắng, biểu tượng cho sự tôn nghiêm và tính cân xứng. Lễ hội lớn nhất của đình là lễ Kỳ Yên được tổ chức ngày 12, 13 tháng 2 âm lịch hàng năm.