Tesis de Maestría

Andrea Echeverría Molinar.

Efecto de los Factores Abióticos y Bióticos sobre la Estructura de la Comunidad Microbiana del Suelo en un Ambiente Oligotrófico.

Resumen

http://hdl.handle.net/11627/3134

Terminada: 2017

Asesora: López-Lozano N.

RESUMEN

En los suelos, las comunidades de microorganismos están sujetas a la variación de factores abióticos e interacciones bióticas que existen entre ellos y otros organismos. Nuestra hipótesis se basa en que debido a las condiciones que presentan las zonas áridas, se espera una mayor influencia de los procesos deterministas en la estructuración de las comunidades, entonces entre mayor sea la similitud en las características ambientales, habrá una mayor similitud en la composición y estructura de las comunidades microbianas. El objetivo de este trabajo fue determinar cómo los factores abióticos (propiedades fisicoquímicas del suelo y estacionalidad, refiriéndose a lluvias y sequías), así como interacciones bióticas (planta-microorganismos y microorganismos-microorganismos), son factores de selección dándole forma a las comunidades microbianas, especialmente en zonas áridas oligotróficas. En este trabajo se llevaron a cabo dos muestreos de las comunidades rizosféricas del Agave lechuguilla y de interespacios libres de vegetación, uno en temporada de secas y otro de lluvias, en cuatro sitios en el valle de Cuatro Ciénegas en Coahuila. Se secuenció el gen 16S rRNA por Illumina para la caracterización de las comunidades microbianas y para el suelo se determinó el carbono y nitrógeno total, pH, conductividad, humedad, materia orgánica, calcio, magnesio, sodio, potasio, amonio, nitrato y fósforo. Nuestros resultados muestran diferencias significativas tanto en las propiedades fisicoquímicas del suelo como en la composición microbiana de la rizósfera e interespacios, las cuales se acentúan en época de secas. También muestran una relación entre el pH, la conductividad, humedad, materia orgánica y relación C/N con la comunidad microbiana. Por último, entre algunos grupos microbianos persistieron interacciones que se presentaron en todas las condiciones (rizósfera, interespacio, secas y lluvias), una correlación negativa entre Actinobacteria contra Bacteroidetes y Proteobacteria y una correlación positiva entre Bacteroidetes con Proteobacteria y Verrucomicrobia.

ABSTRACT

In soils, communities of microorganisms are subjected to the variation of abiotic factors and biotic interactions that exist between them and other organisms. Our hypothesis is based on the fact that due to the conditions presented by arid zones, is expected a higher influence of deterministic processes in community assembly, then, higher similarity in the environmental conditions will lead to higher similarity in the composition and structure of microbial communities. The objective of this work was to determine how abiotic factors (soil physicochemical properties and seasonality) as well as biotic interactions (plant-microorganisms and microorganisms-microorganisms), are selection factors shaping microbial communities, especially in oligotrophic arid zones. In this work we carry out two samplings of rhizospheric communities from Agave lechuguilla and from vegetation-free bulk soil, one of these samplings was in dry season and the other one in rainy season, at four sites of Cuatro Ciénegas valley in the state of Coahuila. 16S rRNA gene was amplified and sequenced by Illumina to characterize microbial community, for soil samples was determined total carbon and nitrogen, pH, conductivity, moisture, organic matter, calcium, magnesium, sodium, potassium, ammonium, nitrate and phosphorus. Our results show significant differences between rhizosphere and bulk soil community composition and soil physicochemical properties, such differences were accentuated in dry season. Furthermore, our results also show that pH, conductivity, moisture, organic matter and C/N ratio are related to the bacterial community. Finally, between some microbial groups there were some interactions that persisted in all conditions (rhizosphere, bulk soil, dry and rainy season), a negative correlation between Actinobacteria against Bacteroidetes and Proteobacteria and a positive correlation between Bacteroidetes with Proteobacteria and Verrucomicrobia

Conferencias, Seminarios y Coloquios

Ponencia VII Congreso Mexicano de Ecología- Simposio Ecología del Suelo: otra perspectiva del funcionamiento de los ecosistemas en México. “Efecto de factores bióticos y abióticos sobre la estructura de la comunidad microbiana rizosferica de Agave lechuguilla” Nguyen E. López-Lozano, Andrea Echeverría, Guadalupe Medina de la Rosa, Maribel Hernández, Felipe García-Oliva y Valeria Souza 1 de Octubre del 2019 Querétaro, Querétaro.

Poster VI Congreso Mexicano de Ecología ”Efecto de factores abióticos y bióticos sobre la estructura de la comunidad microbiana del suelo en un ambiente oligotrófico”. Echeverría M., Andrea., Souza Valeria, López-Lozano, N. E. 25 de Julio del 2017 León, Guanajuato.


Artículos

ABSTRACT

Due to the environmental conditions presented in arid zones, it is expected to have a high influence of deterministic processes over the community assemblages. Symbiotic interactions with microorganisms could increase colonization and survival of plants in difficult conditions, independent of the plants physiological and morphological characteristics. In this context, the microbial communities associated to plants that inhabit these types of areas can be a good model to understand the community assembly processes. We investigated the influence of stochastic and deterministic processes in the assemblage of rhizosphere microbial communities of Agave lechuguilla and bulk soil on the Cuatro Cienegas Basin, a site known for its oligotrophic conditions. We hypothesize that rhizospheric microbial communities of A. lechuguilla differ from those of bulk soil as they differ in physicochemical properties of soil and biotic interactions, including not only the plant, but also their microbial co-occurrence networks, it is expected that microbial species usually critical for plant growth and health are more common in the rhizosphere, whereas in the bulk soil microbial species related to the resistance to abiotic stress are more abundant. In order to confirm this hypothesis, 16S rRNA gene was sequenced by Illumina from rhizospheric and bulk soil samples in two seasons, also the physicochemical properties of the soil were determined. Our results showed differences in bacterial diversity, community composition, potential functions, and interaction networks between the rhizosphere samples and the ones from bulk soil. Although community structure arises from a complex interplay between deterministic and stochastic forces, our results suggest that A. lechuguilla recruits specific rhizospheric microbes with functional traits that benefits the plant through growth promotion and nutrition. This selection follows principally a deterministic process that shapes the rhizospheric microbial communities, directed by the plant modifications around the roots but also subjected to the influence of other environmental variables, such as seasonality and soil properties. Interestingly, keystone taxa in the interactions networks, not necessarily belong to the most abundant taxonomic groups, but they have an important role by their functional traits and keeping the connections on the community network.

RESUMEN

Debido a las condiciones ambientales que se presentan en las zonas áridas, se espera que se tenga una alta influencia de los procesos deterministas sobre los ensamblajes comunitarios. Las interacciones simbióticas con microorganismos podrían incrementar la colonización y supervivencia de plantas en condiciones difíciles, independientemente de las características fisiológicas y morfológicas de las plantas. En este contexto, las comunidades microbianas asociadas a plantas que habitan este tipo de áreas pueden ser un buen modelo para entender los procesos de montaje comunitario. Se investigó la influencia de procesos estocásticos y deterministas en el ensamblaje de comunidades microbianas de la rizosfera de Agave lechuguilla y el interespacio en la Cuenca de Cuatro Ciénegas, un sitio conocido por sus condiciones oligotróficas. La hipótesis es que las comunidades microbianas de la rizósfera de Agave lechuguilla son diferentes a las del interespacio ya que difieren en las propiedades fisicoquímicas del suelo y las interacciones bióticas, incluyendo no solo la planta, sino también sus redes de co-ocurrencia microbiana, se espera que las especies microbianas usualmente críticas para el crecimiento y la salud de las plantas son más comunes en la rizosfera, mientras que en el interespacio las especies microbianas relacionadas con la resistencia al estrés abiótico son más abundantes. Para confirmar esta hipótesis, se secuenció con Illumina el gen 16S rRNA a partir de muestras de suelo rizosférico y el Interespacio en dos temporadas, y también se determinaron las propiedades fisicoquímicas del suelo. Los resultados mostraron diferencias en la diversidad bacteriana, la composición de la comunidad, las funciones potenciales y las redes de interacción entre las muestras de rizosfera y las del interespacio. Aunque la estructura de la comunidad surge de una interacción compleja entre fuerzas deterministas y estocásticas, nuestros resultados sugieren que A. lechuguilla recluta microbios rizosféricos específicos con rasgos funcionales que benefician a la planta en el crecimiento y la nutrición. Esta selección sigue principalmente un proceso determinista que da forma a las comunidades microbianas rizosféricas, dirigidas por las modificaciones de las plantas alrededor de las raíces pero también sometidas a la influencia de otras variables ambientales, como la estacionalidad y las propiedades del suelo. Curiosamente, los taxones clave en las redes de interacciones, no necesariamente pertenecen a los grupos taxonómicos más abundantes, pero tienen un papel importante por sus rasgos funcionales y por mantener las conexiones en la red comunitaria..