¿Cómo correr cálculos en el cluster?

Sistema de colas

El cluster utiliza el programa SLURM (Simple Linux Utility for Resource Management), el cual administra los recursos (cores o nodos) asignados a un cálculo. De esta manera varios cálculos pueden ser enviados al mismo tiempo y quedarán en cola si no hay recursos disponibles.

Se recomienda el uso de un script para enviar trabajos a las colas. En la carpeta Calculos/ podrá encontrar un ejemplo para correr trabajos en serie o en paralelo:

run_serial.sh
run_parallel.sh

Acá se muestra un ejemplo del archivo de cola en serie:

#!/bin/bash

#SBATCH --partition=parallel

#SBATCH --time=24:00:00

#SBATCH --nodes=1

#SBATCH --ntasks-per-node=20

#SBATCH --job-name="test"

#SBATCH --output=test.out.%j

cd /home/<USUARIO>/Calculos/

<Comandos a ejecutar>

mail-report <email>@ucr.ac.cr # Envía reporte del cálculo al finalizar.

Colas disponibles

El cluster cuenta con dos colas de trabajo o particiones:

parallel: para trabajos en paralelo se debe modificar las siguientes líneas
- #SBATCH --partition=parallel
- #SBATCH --nodes=N (N puede tomar valores de 1 hasta 12)
- #SBATCH --ntasks-per-node=20 (Este número no debería de cambiarse)
serial: para trabajos secuenciales o en serie, solo se puede correr con un solo core
- #SBATCH --partition=serial
- #SBATCH --nodes=1
- #SBATCH --ntasks-per-node=1

Dependiendo de la necesidad la persona usuaria siempre debe de especificar la cola con la que va a trabajar.

Para enviar un cálculo a la cola, desde la línea de comando y desde el directorio en donde se encuentra el archivo de cola:

sbatch run_serial.sh

o en su defecto:

sbatch run_parallel.sh

Comandos para el control de la cola

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