Nel 1970, venne edificata, per concessione del vescovo mons. Giuseppe Mancuso, la nuova chiesa in luogo dei locali improvvisati che fino a quell'anno erano adibiti a luogo di celebrazione. Il culto mariano nella frazione di Marinella di Selinunte è antichissimo. Alcuni documenti attestano una piccola cappella in prossimità delle rovine dell'acropoli dell'antica città greca e una più recente cappella seicentesca che andò in rovina verso la fine dell'ottocento, costruita nella parte alta dell'attuale borgata. In seguito all'edificazione dell nuova chiesa nacque la tradizione della processione a mare del simulacro della Madonna, fortemente sentita dall'intera cittadinanza. Nel 2001 ad opera dell'Arch. Salvatore Caradonna di Salemi, la chiesa venne restaurata e consolidata e vennero adeguati gli impianti.