故事讲述了被人称为最后的名侦探结城新十郎,与他的拍档因果,组成了要解明这世上之谜及真实的侦探二人组合.在面对常理不能解释的谜题或案件时,凭着新十郎的推理及因果的协力,这些难题往往也会迎刃而解.但是,当新十郎对案件越发思考之时,他便发现某些地方的不对劲,并随着他的深入了解,他和因果更渐渐与某件大事件扯上关系.