La delimitación fronteriza fue una de las principales razones para las discrepancias Perú y Ecuador, fue un conflicto heredado de la Gran Colombia.

Un nuevo rebrote de tensión conduciría al enfrentamiento bélico de 1941, que se saldaría con una aplastante victoria militar peruana lo cual nos llevaría a la firma del Protocolo de Río en 1942, auspiciado por EE UU, Argentina, Brasil y Chile como garantes del proceso negociador, entregaría a Lima gran parte del territorio amazónico en disputa.

Sin embargo, en 1951, el gobierno de Quito declararía parcialmente inejecutable este acuerdo, debido a que la orografía de la cordillera del Cóndor hacía imposible demarcar 78 kilómetros de frontera común en la forma en que había sido inicialmente prevista.

Desde entonces, los incidentes y las crisis se sucedieron, mientras Ecuador sostenía que tenía derecho a un acceso libre y soberano al sistema fluvial del Marañón-Amazonas a través de ese sector fronterizo, y Perú rechazaba de plano esa posibilidad.