Clube fundado em 14 de outubro de 1990 e filiado à Federação Amapaense de Futebol em 1993. Nesse ano, o Canário disputou o título do segundo turno do Campeonato Amapaense de Futebol Amador com a equipe do Combatente Atlético Clube, sagrando-se campeão, esse título levou o clube a disputa do título do campeonato com a equipe do Lagoa Esporte Clube, onde não teve êxito e ficou com o vice-campeonato.

Em 2003, chegou novamente a final do Campeonato Amapaense de Futebol Amador e disputou o título com o Renovação E. Clube, ficando mais uma vez com o vice-campeonato.

O clube chegou a duas finais de campeonatos não conseguindo obter o título, pois as equipes que se sagraram campeãs estavam sempre amparadas por patrocinadores, e formavam grandes elencos o que facilitava a conquista do certame.

O Canário Esporte Clube participou de todas as edições do Futebol de Campo realizado pela Federação Amapaense de Futebol, com excessão do 2019, pois na ocasião, a federação amapaense exigiu que os clubes se cadastrassem no Sistema de Competições da CBF, em curto tempo o que dificultou a diretoria atualizar a instituição (Canário) para a disputa do certame.