Flora di Indonesia termasuk flora kawasan Malesiana yang meliputi Malaysia, Filipina, Indonesia , dan Papua Nugini. Pada tahun 2009, Van Welzen dan Silk, botanis dari Belanda, melakukan penelitian yang menjelaskan distribusi flora Malesiana. Menurut keduanya, flora Malesiana terbagi menjadi flora dataran Sunda, flora dataran Sahul, dan flora di daerah tengah (peralihan) yang sangat khas dan endemik.
Tanaman Rafflesia arnoldii
1. Flora Asiatis
Flora di Indonesia termasuk flora kawasan Malesiana yang meliputi Malaysia, Filipina, Indonesia , dan Papua Nugini. Flora di dataran Sunda terbagi menjadi tiga macam, yaitu flora endemik seperti padma raksasa (Rafflesia arnoldii) yang hanya terdapat di wilayah Bengkulu, Jambi, dan Sumatera Selatan. Selanjutnya flora khas paparan sunda adalah hutan mangrove dan rawa gambut. Kemudian flora di bagian pantai barat didominasi oleh meranti-merantian, rawa gambut, kemuning, rotan dan hutan rawa air tawar.
Tanaman Cengkeh (Syzygium aromaticum)
2. Flora Peralihan
Flora di daerah peralihan memiliki kemiripan dengan flora di dataran Sunda dan Sahul. Meliputi wilayah pulau Sulawesi, Maluku dan Nusa Tenggara. Jenis flora endemik di wilayah ini adalah eboni (Diospyros celebica), pohon leda (Eucalyptus deglupta), dan cengkeh (Syzygium aromaticum).
Tanaman Matoa (Pometia pinnata)
3. Flora Sahul
Hutan di dataran Sahul memiliki ciri-ciri yang sama dengan hutan Australia wilayah utara dengan beribu-ribu jenis tumbuhan yang berdaun lebat dan hijau. Spesies endemik di dataran ini antara lain sagu (Metroxylon sagu), pala (Myristica fragrans), dan matoa (Pometia pinnata).