Con la promulgación del Decreto Ley 3 de 22 de febrero de 2008, se crea la Academia Migratoria, con la finalidad de promover los valores éticos, morales y humanos, procurando la profesionalización del funcionario del Servicio Nacional de Migración a través de cursos, seminarios, diplomados y cualquier otra formación académica, según las necesidades de la institución.

Sus primeras oficinas se encontraban en la antigua sede ubicada en Avenida Cuba y las capacitaciones se desarrollaban en el salón del INADEH, ofreciendo cursos y seminarios para la formación continua de los servidores públicos, en temas administrativos de seguridad y servicios migratorios.

Para el año 2010, las oficinas se trasladan a la Sede de la Avenida Ricardo J. Alfaro, tercer piso; por esta razón la Organización Internacional para las Migraciones (OIM), dona equipos tecnológicos y didácticos para el equipamiento de las nuevas aulas de clase y se continúa así con las capacitaciones en diversos temas migratorios tanto en la Sede Central, como en el interior del país.

A inicios del 2012, sus oficinas son nuevamente reubicadas en el sótano 1 de la Sede Central, contando con dos amplias aulas de capacitación y la habilitación del salón virtual del INADEH.

A finales del 2012 e inicios del 2013, la Academia Migratoria es remodelada y adecuada para las nuevas exigencias didácticas y educativas, para así cumplir con el nuevo plan de formación propuesto. Se recibe dotación de equipos y mobiliario de parte de la Embajada de los Estados Unidos.

En el año 2013, la Academia Migratoria da inicio a su nuevo plan de formación para Inspectores Migratorios de primer ingreso, inaugurando así el Primer Curso de Inspectores Migratorios.

A finales del 2013 e inicios del 2014, se actualiza y se reforma el plan de capacitación de Inspectores Migratorios y se establece un convenio con la Policía Nacional para que los aspirantes realizaran su primera jornada de estudios en el Instituto Superior Policial (ISPOL).

En el 2014, se da inicio al Segundo Curso de Inspectores Migratorios, pero con una variación en el programa de formación; estos iniciaban sus estudios en el Instituto Superior Policial (ISPOL), culminando con una especialidad en seguridad y servicios migratorios impartida en la Academia Migratoria.

Desde el 2014 al 2018, continúan las capacitaciones para la formación continua de todos los servidores públicos y de igual manera los Cursos de Inspectores Migratorios que a la fecha asciende a 15 promociones.

En el año 2017, tras la iniciativa del cuerpo académico y estudiantil, la Academia Migratoria es identificada con el lema “calidad educativa de excelencia”.

En la búsqueda de identificar a la Academia Migratoria con su misión de educar, a través de la Resolución 17175 de 28 de agosto de 2019, la Directora General, en uso de sus facultades legales, le confiere el nombre de Academia Migratoria Manuel José Hurtado, en honor a este ilustre educador y padre de la educación panameña, estableciendo además el 01 de diciembre de cada año, como fecha para la celebración de su aniversario.

Por primera vez, se llevará a cabo en la semana de aniversario de la Academia Migratoria, la entrega de la Condecoración Manuel José Hurtado al docente y estudiante destacado y el Reconocimiento de Docente y Estudiante Distinguido a ilustres docentes y estudiantes de la institución.

A inicios del 2020, se adopta el nuevo logo que identificará a la Academia Migratoria, exponiendo en su arte un libro y una antorcha sobre la cual reposa el logo del Servicio Nacional de Migración, lo que simboliza que de la Academia brota la fuente de la sabiduría en el conocimiento de los temas migratorios, acompañado de igual manera de la representación simbólica de los tres tipos de Control Migratorio: aéreo, marítimo y terrestre.

Tras la pandemia mundial del Covid-19, y para dar continuidad a la formación de Inspectores y Supervisores Migratorios, la Academia Migratoria creó como parte de su plan de acción, su Aula Virtual "Academia Migratoria Virtual", apoyados de la Plataforma Virtual Chamilo E-learning, donde actualmente se están dictando todos los cursos de formación migratoria de primer ingreso y de educación continua para todos los funcionarios de la institución a nivel nacional.