Departemen Bina Desa adalah bertugas untuk membangun incubator organisasi di lingkungan kampus UMY dan melaksanakan kegiatan pemberdayaan di desa binaan secara berkelanjutan. Departemen ini berfokus pada peningkatan kesejahteraan sosial, pendidikan, ekonomi, dan lingkungan masyarakat desa, serta menjembatani BEM KM FEB dengan komunitas desa. Departemen ini juga berperan sebagai penggerak sinergi antara mahasiswa dan masyarakat desa untuk mewujudkan pembangunan yang berkelanjutan.