Сүлүктү шаар башкармалыгы, Лейлек жана Баткен райондорунун жергиликтүү администрациялары менен Ош Мамлекеттик университетитинин ортосунда түзүлгөн адистерди даярдоо жана кайра даярдоо тармагында өз ара кызматташтык жөнүндө келишимине ылайык, жогоруда көрсөтүлгөн региондордо, ошондой эле коншулаш Тажикстан жана Узбекстан республикаларынын аймагында жайгашкан кыргыз тилдүү мектептерде жогорку билимдүү адистердин жетишпегендигин эске алуу менен Ош мамлекететтик университетинин ректору Б.Бешимовдун 02.05.1996 ж. № 41 буйругунун негизинде Сүлүктү шаарында орто мектептин мугалимдерин даярдоо боюнча Ош мамлекеттик университетинин окуу-консультативдик пункту ачылган. Ал эми 1998-жылы 30-майда ОшМУнун ректорунун, № 48 буйругу менен окуу-консультативдик пункту ОшМУнун Сүлүктү шаарындагы филиалы болуп кайрадан уюшулуп түзүлөт.

2000-жылы 27-июлда Кыргыз Республикасынын Президентинин «Баткен мамлекеттик университетин түзүү жөнүндөгү» №190 Жарлыгынын негизинде ОшМУнун Сүлүктү филиалы БатМУнун курамына кирген. 2001-жылдын 11-январында БатМУнун Окумуштуулар Кеңешинин токтому менен ОшМУнун Сүлүктүдөгү филиалы Баткен мамлекеттик университетинин Сүлүктү гуманитардык-экономикалык институту, БатМУнун ректорунун 2016-жылдын 19-февралындагы №01-04 буйругунуну негизинде Баткен мамлекеттик университетинин гуманитардык-экономикалык институту, 2017-жылы Сүлүктү аймактык институту болуп өзгөртүлгөн. БатМУнун Окумуштуулар Кеңешинин 2021-жылдын 22-февралындагы №3 протоколунун, 2021-жылдын 9-мартындагы БатМУнун Ректор алдындагы кеңешмесинин чечимине ылайык Сүлүктү гуманитардык-экономикалык институту деп аталган. 

Кыргыз Республикасынын Президентинин 2025-жылдын 11-сентябрындагы №256 «Кыргыз Республикасынын билим берүү чөйрөсүндөгү айрым маселелер жөнүндө» Жарлыгына, Кыргыз Республикасынын Министрлер Кабинетинин 2025-жылдын 24-декабрындагы №826 «Кыргыз Республикасынын жогорку окуу жайларын кайра уюштуруунун айрым маселелери жөнүндө» токтомуна, Кыргыз Республикасынын Илим, жогорку билим берүү жана инновациялар министрлигинин 2026-жылдын 13-январындагы №06 «Жусуп Баласагын атындагы Кыргыз улуттук университетин кайра уюштуруу жөнүндө», Жусуп Баласагын атындагы Кыргыз улуттук университетинин 2026-жылдын 19-январындагы №7 буйругуна, университеттин Көзөмөлчүлүк кеңешинин чечимдерине ылайык (2026-жылдын 27-февралындагы №1 протоколу) Ж. Баласагын атындагы Кыргыз улуттук университетине Баткен мамлекеттик университети, Талас мамлекеттик университети жана Сатыбалды Нааматов атындагы Нарын мамлекеттик университети кошулушуна байланыштуу, региондордо билим берүүнү интеграциялоонун системалуу уюштурулушун, башкаруунун натыйжалуулугун камсыз кылуу, кошулган жогорку окуу жайлардын материалдык-техникалык, кадрдык жана билим берүү мүмкүнчүлүктөрүн бирдиктүү түзүмдө сактоо, өнүктүрүү максатында жана Баткен, Талас, Нарын мамлекеттик университеттери мекемелерин кошуу жолу менен реорганизациялоо процедураларын ишке ашыруу үчүн түзүлгөн комиссиянын негиздеме-маалымкатынын негизинде Ж.Баласагын атындагы КУУнун ректору, г.и.д., профессор Д.Т.Чонтоевдин 2026-жылдын 13-апрелиндеги №121 буйругунун негизинде Баткен мамлекеттик университетинин А.А.Машрабов атындагы Сүлүктү гуманитардык-экономикалык институту Ж.Баласагын атындагы Кыргыз улуттук университетинин А.А.Машрабов атындагы Сүлүктү гуманитардык-экономикалык институту деп түзүлдү.

Сүлүктү гуманитардык-экономикалык институту көп жылдардан бери Баткен облусунун чек ара аймагында жогорку билим берүү кызматын көрсөтүп келет. 

Сүлүктү медициналык колледжи Кыргыз Республикасынын Юстиция министрлигинде катталган, 2019-жылдын 24-майындагы № С2019-0063 лицензиясына №2 кошумча берилген. Юридикалык жакты мамлекеттик каттоо (кайра каттоо) жөнүндө күбөлүктүн номери: 0053355, ИНН: 02507200010142. Кесиптик билим берүү программаларынын каттоо номери № 4726/1, 2023-жылдын 21-июлу, протокол № 10-5, 2023-жылдын 20-июлу. Лицензиянын сериялык номери: LS 190002512.