Засновник – Засновником Ліцею є Іванівська сільська рада в особі ШВИДКОЇ Олени Петрівни – голови ради, яка представляє інтереси Іванівської сільської територіальної громади Чернігівського району Чернігівської області. Засновник забезпечує фінансування Ліцею, його матеріально-технічне оснащення, надає необхідні будівлі, інженерні комунікації, обладнання, визначає статус закладу освіти, організовує ремонт приміщень, їхнє господарське обслуговування, харчування та медичне забезпечення учнів відповідно до чинного законодавства. Органом управління Ліцею є відділ освіти, культури, туризму, сім’ї, молоді та спорту Іванівської сільської ради Чернігівського району Чернігівської області, який здійснює управління закладом освіти в межах своїх повноважень. Керівник відділу ОКТСМС – ДОРОШЕНКО Юлія Григорівна.

Керівник закладу освіти – директорка Анисівського ліцю ім. І.Я.Франка – ІГНАТЕНКО Наталія Миколаївна. Керівник закладу освіти здійснює безпосереднє управління закладом і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу. Повноваження  та відповідальність керівника закладу освіти визначається законом та установчими документами закладу освіти.

Педагогічна рада - постійно діючий колегіальний орган управління закладу освіти, повноваження якої визначаються Законом і Статутом закладу освіти. Керівник закладу освіти є головою педагогічної ради.

Загальні збори (конференція) колективу Ліцею - вищий колегіальний орган громадського самоврядування Ліцею, що формується з уповноважених представників учасників освітнього процесу Ліцею.  Загальні збори (конференція) мають право брати участь у вирішенні питань організації освітнього процесу, дозвілля та оздоровлення учнів. Здійснювати громадський нагляд (контроль) та управління Ліцеєм у межах повноважень, визначених законодавством та розглядати інші питання, визначені установчими документами

Рада ліцею – колегіальний орган громадського самоврядування -  є виборним органом та формується на демократичних засадах із представників педагогічного колективу, батьків та учнів. Очолює  раду ліцею голова, який обирається із складу ради.

Учнівське самоврядування – орган самоврядування здобувачів освіти - здійснює свою діяльність відповідно до законодавства та положення про учнівське самоврядування Ліцею (за наявності) та має право представляти інтереси учнів Ліцею, сприяти захисту їхніх прав відповідно до законодавства та ін.

Інші органи, передбачені спеціальними законами та/або установчими документами закладу освіти. У закладі освіти діє батьківський комітет, методичні спільноти.