Педагошки факултет „Св. Климент Охридски“
Правен факултет „Јустинијан Први“
Технолошко-металуршки факултет
Факултет за ветеринарна медицина
Факултет за дизајн и технологии на мебел и ентериер
Факултет за електротехника и информациски технологии
Факултет за земјоделски науки и храна
Факултет за информатички науки и компјутерско инженерство
Факултет за ликовни уметности
Факултет за музичка уметност
Факултет за физичко образование, спорт и здравје
Факултет за шумарски науки, пејзажна архитектура и екоинженеринг „Ханс Ем“
Филолошки факултет „Блаже Конески“
Православен богословски факултет
Институт за земјотресно инженерство и инженерска сеизмологија
Институт за социолошки и политичко правни истражувања