位於新市、善化及安定三區之間，公路交通有國道1號、國道3號及國道8號；鐵路交通有台鐵南科站（距園區約500公尺）、台鐵新市站（距園區約6.1公里）及台鐵善化站（距園區約6.4公里）；距高鐵台南站約28.9公里，交通系統便利。
（1）可搭乘巡巴高鐵線至台南園區 Park 17站（約35分鐘），再改搭園區內各環線至廠商間。
（2）可搭乘台鐵沙崙線至台鐵南科站轉乘南科免費巡迴巴士至台南科學園區，約40分鐘。
建議搭乘台鐵區間車至台鐵南科站，利用園區免費巡迴巴士至園區各廠商間。
詳細可參考南部科學園區網站