Statistical Methods for Omics-assisted Breeding Hands-on workshop

目的：

オミクス利用育種の基盤を支えている統計手法、とくに、量的遺伝学の手法について、Rを用いて実践的な講習を行う。ゲノミック選抜、ゲノムワイドアソシエーション解析、遺伝子型×環境交互作用、圃場内局所変動補正、などについて、学ぶことができる。

日程：

2018年11月12日(月) ー 15日(木）

場所：

2018年11月12日(月)

東京大学農学生命科学研究科

弥生講堂アネックス・セイホクギャラリー

2018年11月13日(火) ー 15日(木）

東京大学農学生命科学研究科

フードサイエンス棟 中島董一郎記念ホール

授業は全て英語で行います。ただし、質問は日本語でも構いません。

参加準備 (preparation for WS)：

Please bring your computer in which R v. 3.5 and RStudio have been installed.

R v3.5 と RStudioをインストールしたノートパソコンの持ち込みを必須としています

Please install following R packages:

以下のパッケージのインストールが必要です。

・lsmeans, car, lme4, BayesLCA, coda, mvtnorm

・BGLR, MTM, rrBLUP

・agridat, desplot, learnr, tidyverse (or tidyr, ggplot2, dplyr), ggrepel, RColorBrewer, ggthemes, rmarkdown, knitr, plotly, shiny, lucid, skimr

・"od", "asreml" and "myf" R packages are not on CRAN so you'll have to download it from here:

https://www.dropbox.com/s/ob0cf2qqq6z7cq6/pkgs.zip?dl=0

The instructions for asreml license for mac and linux users is included in the link. The activation link for Windows user will be passed to participants at the workshop.

・INLA, sp, fields, geoR, viridisLite + tidyverse

・vcfR, pcaMethods, qqman, glmnet

• gaston（Added by HI on 11th Nov.）

(+ all dependencies, これらパッケージが依存するパッケージすべて)

今後も必要なパッケージが増えることが予想されます。

ホームページのチェックをお願いします。

It is expected that required packages will be changed (new packages will be added).

Please check the homepage for the latest information for the required packages

Please bring your name card if you have. It will be used for your name tag.

名札用にお名刺を1枚お持ちください。

参加人数：

50人 → 70人（変更）

お問い合わせ先：

seminar@ut-biomet.org

大変申し訳ございませんが準備の都合上、懇親会への参加申し込みは締め切りました。

講師：

Gota Morota (GM) Virginia Polytechnic Institute and State University, USA

Diego Jarquin (DJ) University of Nebraska-Lincoln, USA

Emi Tanaka (ET) University of Sydney, Australia

Malachy Campbell (MC) University of Nebraska-Lincoln, USA

Jessica Tressou (JT) INRA, France

Hiroyoshi Iwata (HI) University of Tokyo, Japan