La operatividad del Programa de Especialidad en Pediatría se llevará a cabo en las sedes Hospitalarias del Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) Hospital de Gineco-Pediatría con Medicina Familiar No. 31 (HGP-MF No. 31), en la ciudad de Mexicali y el Hospital General Regional No. 1 (HGR No. 1), en la ciudad de Tijuana, Baja California (BC).

Se cuenta con una subsede en el Hospital General Regional No. 20 en Tijuana (HGR No. 20), el Hospital General de Zona (HGZ) en la Unidad Médica Familiar (UMF) No. 1 en la Paz Baja California Sur donde realizan el primer año y continúan la especialidad (en el 2do y 3er año) en el HGP-MF No. 31 en Mexicali, BC.