校区は田辺市の東に位置し、左会津川に沿って上・中万呂地区の会津小学校区と、三栖、上野地区の三栖小学校区、長野・伏菟野地区の長野小学校区からなる。
近年、市街地の拡大に伴い万呂地域は新興住宅地として発展し、その波は三栖地域にも広まり、城山台をはじめとした大規模な開発が進んできている。
三栖地域は梅を中心に果樹の栽培が大変盛んであり、とりわけ2月から3月にかけては学校周辺も梅花で白一色に染まる。
平成27年度に長野中学校を統合したことにより、長野・伏菟野地区を含み、校区が広域となっている。