Ada beberapa penyakit yang menyerang sistem pencernaan. Gangguan sistem pencernaan dapat disebabkan oleh beberapa faktor, seperti halnya pola makan yang salah, terinfeksi bakteri, ataupun adanya kelainan pada alat pencernaan itu sendiri. Adapun beberapa gangguan sistem digesti, menurut Wahyuningsih (2017) diantaranya sebagai berikut:
a. Konstipasi (Sembelit), merupakan salah satu gangguan sistem digesti yang terjadi apabila kim atau bubur makanan yang masuk ke dalam usus sangat lambat, sehingga usus terlalu banyak menyerap air akhirnya mengakibatkan feses menjadi keras dan kering.
b. Diare, yaitu kondisi ketika buang air besar dengan konsistensi cair (mencret) dan dilakukan sebanyak 3 kali atau lebih dalam sehari. Diare disebabkan oleh 17 beberapa faktor diantaranya akibat makanan tertentu, ansietas (stress), atau adanya organisme perusak yang melukai dinding usus.
c. Xerostomia, yaitu penyakit yang ada di rongga mulut ditandai dengan rendahnya produksi air ludah.
d. Parotitis, yaitu membengkaknya kelenjar air ludah. Hal ini dikarenakan oleh adanya virus yang menyerang kelenjar air ludah yang berada dibawah telinga.
e. Peritonitis, yaitu peradangan pada selaput perut (peritonium)
f. Gastritis, terjadi jika rangsangan pada mucosa berlebihan karena aktivitas dari nervus vagus. Akibatnya kelenjar yang memproduksi asam lambung teransang.
g. Tukak Lambung, dapat terjadi apabila pertahanan mukus yang menyelubungi dinding usus mengalami kerusakan, sehingga enzim pencernaan akan memakan bagian-bagian kecil dari lapisan permukaan lambung. Pada umumnya tukak lambung diakibatkan oleh infeksi bakteri. Tukak lambung mengakibatkan dinding lambung berlubang sehingga isi lambung jatuh di rongga perut.