พันธกิจของหลักสูตร คือ เพื่อฝึกอบรมแพทย์ให้มีความรู้ความสามารถในเวชปฏิบัติที่ครอบคลุมและเหมาะสมกับบริบทของสาขาเวชศาสตร์ฉุกเฉินซึ่งเป็นแขนงวิชาชีพเวชกรรมเฉพาะทางสาขาหนึ่งที่ต้องอาศัยความรู้ทางเวชกรรมอย่างกว้างขวาง มีการบูรณาการองค์ความรู้เวชวิทยาการสาขาต่าง ๆ ประกอบกับวิทยาการบริหารจัดการ รวมถึงความสามารถในการทำหัตถการต่างๆในการดูแลผู้ป่วยที่มีภาวะฉุกเฉินทั้งในและนอกโรงพยาบาลเพื่อให้ได้ประโยชน์สูงสุดทั้งในสถานการณ์ปกติและในกรณีสาธารณภัยต่างๆ 

นอกจากความรู้และทักษะดังกล่าวแล้วแพทย์ผู้รับการฝึกอบรมควรมีความสามารถด้านอื่น ๆ ที่สำคัญ ได้แก่ มีความสามารถในการทำงานแบบมืออาชีพ มีความเอื้ออาทรและใส่ใจในความปลอดภัยเพื่อแก้ไขปัญหาของการส่งเสริมสุขภาพ โดยยึดถือผู้ป่วยเป็นศูนย์กลางบนพื้นฐานของการดูแลแบบองค์รวม มีเจตนารมณ์และเตรียมพร้อมที่จะเรียนรู้ตลอดชีวิต มีพฤติกรรมที่เหมาะสมต่อเพื่อนร่วมงานทั้งในวิชาชีพของตนเองและวิชาชีพอื่นๆรวมทั้งผู้ป่วยและญาติ สามารถทำงานเป็นทีม มีการบริหารจัดการ มีความรู้ความเข้าใจในระบบสุขภาพและกระบวนการคุณภาพต่างๆ

นอกจากบทบาทในการดูแลรักษาผู้ป่วยฉุกเฉินแล้ว แพทย์ฉุกเฉินยังมีบทบาทที่สำคัญต่อระบบบริการสาธารณสุขอีกประการหนึ่งคือเป็นปากทางที่บุคคลเข้าสู่ระบบบริการสาธารณสุขอื่นๆได้อย่างเหมาะสม ดังนั้นการสร้างเสริมงานเวชกรรมฉุกเฉินให้เข้มแข็งจะช่วยลดค่าใช้จ่ายในระบบบริการสาธารณสุขโดยไม่จำเป็นลงได้มาก 

ทั้งนี้ความต้องการแพทย์ฉุกเฉินเพื่อไปปฏิบัติงานในระบบการแพทย์ฉุกเฉินทั้งในโรงพยาบาลและระบบการดูแลผู้ป่วยก่อนถึงโรงพยาบาลรวมถึงในกรณีเกิดภัยพิบัติต่างๆนอกจากนี้พันธกิจของหลักสูตรฝึกอบรมคำนึงถึงความรับผิดชอบทางสังคม โดยมีจัดให้แพทย์ประจำบ้านได้มีโอกาสเข้าร่วมเป็นอาสาสมัครในงานบริการสังคมต่างๆ เช่น การออกหน่วยบริการประชาชน , การสอนการช่วยชีวิตเบื้องต้นแก่ประชาชนทั่วไป เป็นต้น