第7回研究会

概要

日時：2023年10月14日（土）

開催場所：東京大学 柏キャンパス

開催形式：Zoomと会場のハイブリッド形式で開催します。

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プログラム

10:00 ~ 10:10 開会式

10:20 ~ 11:20 ロングトーク (3名)

  「Efficient colored de Bruijn Graph representation using grammar compression algorithm」

  「Transformation of PET degradation pathway into Bacillus subtilis and evaluation of its degradation activity」

  「Hybrid metagenomic assembly enables characterization of diverse groups of CPR in a unique sample」

11:30 ~ 12:10 ショートトーク (9名)

・楊之介　早稲田大・浜田研　

  「Small molecule generation with Cellular heterogeneity」

・石田廉　東京大・岩崎研　

  「De novo protein design with deep learning for red light-sensitive non-invasive optogenetics」

・石沢涼太　東工大・大上研　

  「PROTAC molecular linker design using fragment linking method」

・西野聡　東京大・岩崎研　

  「Function unknown genes of the most abundant bacterial lineage in the ocean」

・渡辺健太郎　慶応大・柳原研　

  「Construction of the structure generation model for small molecules which interact with non-coding RNA」

・西村友宏　早稲田大浜田研　

  「A fast RNA secondary structure prediction method using homologous sequence information」

・土田康太　東京大・岩崎研　

  「The potential of cyanobacterial nitrogen fixation on the soil surface at night.」

・清水正義　東工大・秋山研　

  「Selection of candidate compound conformations based on fragment docking results」

・針生理来　早稲田大・浜田研　

  「Comprehensive search for lncRNA-mRNA interactions that contribute to mRNA  translation regulation」

・中花田知里　慶應大・榊原研　

  「Subcellular localization of long non-coding RNAs using deep learning」

13:10 ~ 14:10 ロングトーク (3名)

・島津圭佑　慶應大・榊原研　

  「Development of a breast ultrasound image analysis system using deep learning」

・石黒綾香　東京大・岩崎研　

  「Analysis of phonological evolution of languages applying bioinformatic method」

・外尾航季　早稲田大・浜田研　

  「Development of an Interpretable Anomaly Detection Model for Blood Cell Imaging」

14:20 ~ 15:00 ショートトーク (10名)

・新美倫太郎　東京大・岩崎研　

  「Topological analysis of metabolic networks to investigate emergence of generalists/specialists」

・井出詩菜　東京大・岩崎研　

  「Phonological alignment and MCMC comprehensively reconstruct linguistic phylogenies」

・川﨑千晶　早稲田大・浜田研　

  「Prediction of coronavirus hosts using a protein language model」

・飯棲俊介　東工大・大上研　

  「タンパク質言語モデルによるペプチドディスプレイスクリーニング情報解析」

・安武達益　東京大・岩崎研　

  「Recognition of species-specific DNA sequence representation with large language model」

・古井海里　東工大・大上研　

  「FastLomap: Faster Lead Optimization Mapper Algorithm for Large-Scale Relative Free Energy Perturbation」

・赤木果歩　東工大・秋山研　

  「Improvement of protein-ligand docking accuracy with mixed-solvent molecular dynamics」

・藤吉真生　東京大・岩崎研　

  「Bac2Feature: Web interface to predict bacterial traits from 16S rRNA gene phylogeny」

・Apakorn Kengkanna　東工大・大上研　

  「Enhancing Model Learning and Interpretation Using Multiple Molecular Graph Representations for Compound Property and Activity Prediction」

・五十嵐航大　東工大・大上研　

  「Ligand binding free energy prediction with molecular dynamics trajectory and machine learning」

15:10 ~ 16:10 ロングトーク (3名)

・内河慶輔　東工大・大上研　

  「Identifying suitable AlphaFold2 protein structure models for improved structure-based virtual screening」

・能祖雄大　東工大・秋山研　

  「Membrane permeability prediction of cyclic peptides based on environment-dependent 3D descriptors extracted from MD simulations」

・綿野桂人　東京大・岩崎研　

  「Machine learning-based functional estimation of function unknown genes in ocean metagenomes」

16:20 ~ 17:00 ショートトーク (9名)

・道下瑛陽　早稲田大・浜田研　

  「An Aptamer Generating Model Using RNA Secondary Structure Information」

・鎌田航毅　東京大・岩崎研　

  「Machine learning for predicting tree inference accuracies」

・寺倉慶　東工大・秋山研　

  「Kinetic analysis of membrane permeation processes of cyclic peptides based on large-scale simulation data」

・角田優伍　東京大・岩崎研　

  「Salinity adaptation mechanisms of Patescibacteria, a large clade of the microbial dark matter」

・冨樫慧乃辰　東工大・大上研　

  「Structure prediction of cyclic peptide complexes by AlphaFold Multimer with cyclic offset」

・松下翔真　東京大・岩崎研　

  「eRNA exists more abundant than eDNA and can be detected with a high sensitivity from water sample」

・青木滉志郎　東工大・大上研　

  「Development of a GNN contrastive learning model for molecule property prediction.」

・布部絢子　東工大・秋山研　

  「Fragment sets construction for efficient virtual screening」

・安光夕輝　東工大・大上研　

  「Protein Tertiary Structure Prediction with Fine-tuned AlphaFold for Drug Discovery」

17:10 ~ 17:50 ショートトーク(9名)

・柳沢優斗　東工大・石田研　

  「Protein-ligand complex structure prediction with link prediction」

・村松栞　早稲田大・浜田研　

  「ストレス顆粒形成を駆動するｍRNAの特徴の解明 / elucidation for features of mRNAs driving stress granule formation」

・橋本和磨　早稲田大・浜田研　

  「Conditional Variational AutoEncoder for Multi-Objective Controlled 5'UTR Design」

・渡邉倫理　東工大・石田研　

  「Development of a fast search algorithm based on Bayesian optimization for docking simulation」

・高山直也　早稲田大・浜田研

　「Analysis of the rela/onship between cancer-related lncRNAs and transposable elements」

・山脇龍馬　早稲田大・浜田研　

  「Sequence characterization and prediction of semi-extractable RNAs」

・竹内峻平　東大・岩崎研

　「Diversity analysis of DNA methylation genes in aquatic microbial communities」

・坂野晃　東工大・大上研　

  「Development of a Chemical Language Model for Natural Products」

・山内駿　東京大・岩崎研　

  「大規模言語モデルを用いない「ゲノム文法」解明のための統計的アプローチ」


17:50 ~ 18:00 閉会挨拶

発表者の方々へ

発表スライドの形式は以下を満たして作成していただくようお願い申し上げます。

※ 既に別のサイズで作成されている方は、変更の必要はございません。

円滑な進行のため、  スライドの事前提出をお願いしております。 詳細はメールにてご案内します。 

発表は共有PCで行っていただくことになりましたので、ご自身のPCは不要です。


連絡先

tokyo.bio.meeting*gmail.com (*は @ に置き換えて下さい)