鈴木 脩司(Shuji Suzuki)

プロフィール

Ma名前

鈴木 脩司 (スズキ シュウジ)

所属

東京工業大学 大学院情報理工学研究科
計算工学専攻 博士3年
秋山研究室
日本学術振興会 特別研究員(DC1)

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研究成果

論文誌

  1. Suzuki SIshida T, Kurokawa K, Akiyama Y,  GHOSTM: A GPU-Accelerated Homology Search Tool for Metagenomics. PLoS ONE 7(5):e36060,2012. doi:10.1371/journal.pone.0036060

国際会議

  1. Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Shuji Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-GPU: Acceleration of Protein-Protein Docking Calculation on GPUs", In Proceedings of the ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2013 (ACM-BCB 2013), 2nd International Workshop on Parallel and Cloud-based Bioinformatics and Biomedicine (ParBio2013), 884-890, Sep 2013. 
  2. Shuji Suzuki,  “An Ultra-Fast Computing Pipeline for Metagenome Analysis with Next-Generation DNA Sequencers”, the International Conference on High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis (SC '12), Poster no. spost115, Nov 2012. 
  3. Hiroya Nagao, Shuji Suzuki, Kazuyuki Shudo, "A 3D Visualization System for Structured Overlays" Proc. 2011 11th IEEE International Conference on Peer-to-Peer Computing, September 2011.

国内会議

  1. 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰, “GPU によるDNA 断片配列の高速マッピング”, 先進的計算基盤システムシンポジウムSACSIS2010.

研究会報告

  1. 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰, “データベースの部分文字列クラスタリングによるアミノ酸配列相同性検索の高速化”, 情処研報, (社) 情報処理学会, 2013-BIO-34(14) pp.1-7, 2013.
  2. 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰, “Suffix arrayを用いた高速な配列相同性検索の改良とエピゲノムへの対応”, 情処研報, (社) 情報処理学会, 2012-BIO-29(24) pp.1-7, 2012.
  3. 坂田幸佑, 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰, GPUを用いた配列相同性検索ツールのマルチGPU向け最適化
    ”, 情処研報, (社) 情報処理学会, 2011-BIO-26(2), pp.1-7, 2011.
  4. 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰, “GPU を用いた高速な配列相同性検索のsuffix array による改良”, 情処研報, (社) 情報処理学会, 2011-BIO-25(32) pp.1-8, 2011.
    
  5. 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰, “FM-index を用いた高速な配列相同性検索ツールの開発”, 情処研報, (社) 情報処理学会, 2010-BIO-23(21) pp.1-6, 2010.
    
  6. 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰, “GPU によるDNA 断片配列の高速マッピング”, 情処研報, (社) 情報処理学会, 2010-BIO-21(30), pp.1-6, 2010.

国際会議(査読無し)

  1. Shuji Suzuki, Masanori Kakuta, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama,  “Accelerating identification of frequent k-mers in DNA sequences with GPU”, GTC2014, Poster no. P4190, March 2014.
  2. Shuji Suzuki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama,  “An Ultra-fast Computing Pipeline for Metagenome Analysis with GPUs”, GTC2013, Poster no.P0192, March 2013.
  3. Shuji Suzuki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, “G

    HOSTM: A GPU-Accelerated Homology Search Tool for Metagenomics”, GTC2012, Poster no.B102, May 2012.

  4. Shuji Suzuki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, “Improvement of a fast homology search tool on GPUs with suffix array”, The 9th International Workshop on Advanced Genomics, Poster no.26, July 2011.
  5. Shuji Suzuki, Yutaka Akiyama, “Ultra fast short sequence alignment on GPU”, CBI-KSBSB JOINT CONFERENCE (Bioinfo2009), Poster no.3-22, November 2009.

国内会議(査読無し)

  1. 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰, “マルチCPUコアとGPUを用いた高速な配列相同性検索”, NVIDIA GTC Workshop Japan 2011Poster no.15, July 2011.
  2. 坂田幸佑, 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰, “GPU 配列相同性検索ツールのマルチGPU 向け最適化と長断片への対応”, 情報処理学会第73 回全国大会, 2011 年3 月.

その他

  1. Shuji Suzuki, "GPU-acceleration of protein-protein docking and metagenome analysis on TSUBAME2.5", Tokyo Tech Booth at SC13, November 2013.
  2. 鈴木脩司マルチCPUコアとGPUを用いた高速な配列相同性検索”, 「生命情報科学若手の会」第3回研究会,2011 10/15~16(口頭発表、ポスター発表)   
  3. 鈴木脩司マルチCPUコアとGPUを用いた高速な配列相同性検索”, バイオスーパーコンピューティングサマースクール2011,2011 9/26~27(ポスター発表)

表彰

  1. 2010年SIGBIO学生奨励賞, 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰, “FM-index を用いた高速な配列相同性検索ツールの開発”, 情処研報, (社) 情報処理学会, 2010-BIO-23(21) pp.1-6, 2010.
  2. クラウドコンピューティングコンペティション実行委員会主催Interop Tokyo 2010 クラウドコンピューティングコンペティション, チームHIBIKI(長尾洋也, 鈴木脩司), グランプリIBM 賞(第一位),  2010 年6 月.
  3. 情報処理学会主催 GPU チャレンジ2010, チーム秋山研(鈴木脩司), 自由課題部門第一位,  2010 年5 月.

興味

  • バイオインフォマティクス
  • ハイパフォーマンスコンピューティング
  • GPGPU
  • データマイニング
  • 機械学習