Le PdB cette année

Affiche 2013

Le PdB cette année

Dates

La 6ème édition du Printemps de Baillarguet aura lieu les 6 et 7 juin 2013.
Le programme est disponible ici.

Lieu

Cette année encore le PdB se tiendra dans la grande salle de réunion du CBGP, sur le Campus de Baillarguet.
Vous trouverez le plan ici.

Restauration

Un buffet et des pauses café seront proposés.

Programme

publié le 15 mai 2012 à 02:45 par Guillaume LAUGIER   [ mis à jour : 24 mai 2013 à 04:28 ]

Dates 6-7 juin 2013 Lieu grande salle de réunion du CBGP, Campus de Baillarguet
 
  Attention: le programme suivant est prévisionnel, il est sujet à modifications.

Table des matières

  1. 1 Jeudi 6 juin
    1. 1.1 Session 1 :  la mixologie moléculaire
      1. 1.1.1 9h30 - Odile DOMERGUE (UMR LSTM, équipe SRES) Effet de la disponibilité du P du sol sur la diversité fonctionnelle des rhizobia associés à la féverole, au sein d’un agro-écosystème Sud de France
      2. 1.1.2 9h45 - Catherine BINIEK (UMR LSTM, équipe DEARS) Caractérisation des mécanismes impliqués dans la régulation du nodule fixateur d'azote par la demande en N de la plante
      3. 1.1.3 10h00 - Sana-Teber ROMDHANE (UMR LSTM, équipe MSNI) Rôle des lipopolysaccharides chez les Bradyrhizobium lors de la symbiose avec Aeschynomene
      4. 1.1.4 10h15 - Arthur POITOUT (UMR LSTM, équipe MSNI) Caractérisation du rôle de la CCaMK dans les étapes précoces de la colonisation du système racinaire d’A. evenia lors de la voie facteur Nod-indépendante
      5. 1.1.5 11h00 - Tristan RUBIO (UMR BGPI, équipe CaGeTE) Rôle de la salive du vecteur puceron dans la transmission du virus de la mosaïque du chou-fleur
      6. 1.1.6 11h15 - Marlène CAROZZA (UMR CMAEE, équipe mycoplasme) Amélioration du potentiel vaccinant des vecteurs dérivés d’adénovirus pour les ruminants par ciblage des cellules dendritiques
      7. 1.1.7 11h30 - Souhir SABRI (UMR BGPI, équipe Génomique et analyse moléculaire de la pathogénie des bactéries phytopathogènes) Etude biologique et structurale d'une nouvelle famille de peptides non ribosomaux produits par Xanthomonas oryzae, Xanthomonas translucens et Xanthomonas albilineans
      8. 1.1.8 11h45 - Cédric OUVRAY (UMR BGPI, équipe CaGeTE) Détermination des facteurs d'agressivité du CaMV sur Brassicaceae : recherche d'isolats symptomatiques et asymptomatiques in natura
      9. 1.1.9 12h00 - Enrick MALOUVET (UMR BGPI, équipe CaGeTE) Identification des domaines de la protéine de transmission P2 impliqués dans la formation et le fonctionnement du corps à transmission du virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV)
    2. 1.2 Session 2 :  Les mystères de l’organisme
      1. 1.2.1 13h45 - Sarah MOUAH (UMR LSTM, équipe ADASPIR) Etude génétique et phylogénétique des rhizobia en symbiose avec Acacia spirorbis de Nouvelle-Calédonie
      2. 1.2.2 14h00 - Adrien LIES (UMR LSTM, équipe SRES) Diversité et rôle des bactéries associées à Tuber melanosporum
      3. 1.2.3 14h15 - Déborah CONFLON (UMR BGPI, équipe CaGeTE) Causes et conséquences du maintien d’ADN satellites dans les populations de bégomovirus
      4. 1.2.4 14h30 - Julien RAYMOND (EBCL, équipe Recherche sur Abrostola asclepiadis) Abrostola asclepiadis possible agent de lutte contre Vincetoxicum en Amérique du Nord
      5. 1.2.5 14h45 - Victor Lucas VICENTE DOS SANTOS (UMR CBGP et Université de Sao Paulo) Caractérisation morphologique et moléculaire des principales espèces de Phytoseiidae (Acari: Mesostigmata) utilisées dans les contrôles biologiques dans le monde
      6. 1.2.6 15h20 - Emilie DELETRE (UR Hortsys) Identification des composés répulsifs, irritants et/ou toxiques des huiles essentielles de citronnelle, de cannelle, de cumin et de thym sur les femelles d’
      7. 1.2.7 15h35 - Claire BERGIER (UMR CBGP, plateforme Biologie Moléculaire) Détection de leptospires pathogènes par qPCR chez les rongeurs d’Asie du Sud-Est pour estimer le risque de transmission des rongeurs à l’homme
      8. 1.2.8 15h50 - Juliana COMERLATO (UMR CMAEE, équipe Virologie) Dynamique d'infection d'un morbillivirus dans un modèle souris aux fins de développer de nouvelles molécules thérapeutiques et/ou des vaccins améliorés
  2. 2 Vendredi 7 juin
    1. 2.1 Session 3 : Espèces d’espèces
      1. 2.1.1 9h15 - Sarah FRaNCOIS (UMR BGPI, équipe Biodiversité des phytovirus et quarantaine des plantes) Etude de la diversité et de la structure des populations des géminivirus associés aux Euphorbia caput-medusae sauvages de la région du Cap
      2. 2.1.2 9h30 - Pauline BERNARDO (UMR BGPI, équipe Biodiversité des phytovirus et quarantaine des plantes) New insights into the evolutionary history of geminiviruses derived through the discovery of new highly divergent geminivirus species
      3. 2.1.3 9h45 - Richard GOUY (UMR CBGP) Phylogéographie et histoire évolutive d’une nouvelle lignée du genre Rattus (mammifères ; rongeurs) en Asie du sud-est
      4. 2.1.4 10h00 - Marine RANGER (UMR CBGP) Phylogéographie d'un lézard marocain : Acanthodactylus erythrurus
      5. 2.1.5 10h30 - Nadine ALI (UMR CBGP, équipe Nématologie) Communautés des nématodes phytoparasites associés à l’olivier au Maroc
      6. 2.1.6 10h45 - Loup RIMBAUD (UMR BGPI, équipe Epi2V) Estimation expérimentale de paramètres clés pour la modélisation de stratégies de gestion d’une épidémie virale
      7. 2.1.7 11h00 - Gillen IRUBETAGOYENA (UR Intrepid et Ifremer) L’aquaponie: une technique novatrice en aquaculture intégré
    2. 2.2 Session 4 :  La modélisation au service de la biologie
      1. 2.2.1 11h30 - Caroline TARDIVO (UR Green et UMR Innovation) Evaluation Intégrée des Systèmes Agricoles : quelles conditions d’usage pour l’aide à la concertation ?
      2. 2.2.2 11h45 - Anne RELUN (UPR AGIRs) Modélisation spatio-temporelle de la propagation d'un agent pathogène dans une métapopulation porcine à l’aide de l’analyse de réseaux de contact : application au virus de la peste porcine africaine
      3. 2.2.3 12h00 - Agathe ALLIBERT (UMR CBGP) Intégrer l’information phylogéographique dans les modèles d’aire de distribution des espèces pour mieux évaluer les risques d’invasions biologiques
      4. 2.2.4 12h15 - Cédric LIPPENS (UMR CBGP) Détermination des routes d’invasions d’une espèce commensale par des approches bayésiennes et multi-variée sur des données moléculaires : le cas de la souris au Sénégal
      5. 2.2.5 12h30 - Hasina Lalaina RAKOTONIRAINY (UPR GREEN) Exploration sémantique des modèles socio-environnementaux
      6. 2.2.6 12h45 - Abdoulaye DIALLO (UPR GREEN) Modélisation multi-point de vue pour une approche multi-disciplinaire des socio-écosystèmes
      7. 2.2.7 13h00 - Paulo PIMENTA (UPR GREEN) La représentation du processus en système multi-agent
 



Programme

Attention: le programme suivant est prévisionnel, il est sujet à modifications.

Jeudi 6 juin

8h50  Accueil des participants

Session 1 :  la mixologie moléculaire

« L’esprit est un produit de l’organisation du cerveau tout comme la vie est un produit de l’organisation des molécules » F. Jacob

9h15 - Introduction du chairman: Marc Ducousso (UMR LSTM, équipe AMOSCE)

9h30 - Odile DOMERGUE (UMR LSTM, équipe SRES) Effet de la disponibilité du P du sol sur la diversité fonctionnelle des rhizobia associés à la féverole, au sein d’un agro-écosystème Sud de France

Via son aptitude à fixer l’azote atmosphérique, la symbiose rhizobia-féverole (Vicia faba) offre d'importants services aux écosystèmes, tels qu’un apport d'azote renouvelable dans les cultures et les sols et une diversification des systèmes agricoles. Toutefois, la symbiose fixatrice d’azote (SFN) est limitée par des facteurs abiotiques (excès d'azote (N), carence en phosphore (P)). L’inefficacité d’utilisation du P par les rhizobiums natifs peut également être une contrainte biotique de la SFN. Par conséquent, la sélection de rhizobiums indigènes permettant une efficacité d’utilisation de P (EUP) pourrait apporter des solutions durables pour une augmentation de la SFN. Afin d'identifier des génotypes de rhizobiums à fort potentiel de SFN dans des sols à faible disponibilité en P, nous avons établi un diagnostic nodulaire sur féveroles au stade floraison, dans un agro-écosystème du Sud de la France. Des variations spatiales de l'efficacité de SFN définies sur corrélation de biomasses aériennes et nodulaires sont observées à la fois dans et entre les placettes des agriculteurs. Parmi les 60 rhizobiums isolés, 27 sont aptes à dégrader du P organique (phytate). Des RT PCR in situ réalisées avec des amorces de phytases bactériennes sur nodosités de féveroles inoculées et cultivées en hydro-aéroponie, permettront de mieux comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans cette dégradation.

9h45 - Catherine BINIEK (UMR LSTM, équipe DEARS) Caractérisation des mécanismes impliqués dans la régulation du nodule fixateur d'azote par la demande en N de la plante

L’absence d’azote minéral dans le sol limite souvent la croissance des plantes. L’association symbiotique avec rhizobium est une adaptation qui permet aux légumineuses d’utiliser l’azote gazeux de l’air, une source illimitée de cet élément. Toutefois, la biogénèse et l’entretien des organes symbiotiques - les nodules - sont très coûteux en ressources pour la plante. De fait, la formation et le développement des structures symbiotiques sont fortement régulés par la plante. La formation des organes symbiotiques n’est permise que lorsque la plante est en déficit en N et elle est réprimé en situation de satiété. L’activité et le développement du nodule mature (indéterminé) sont aussi sous contrôle de signalisations systémiques liées à la demande en N de la plante. Lorsque la plante est à satiété (ajout d’azote minéral) l’activité de fixation des organes symbiotiques est rapidement réprimée. Inversement en situation de déficit en N, le méristème nodulaire est activé afin de permettre une expansion de l’organe pour satisfaire la demande en N de la plante. Au cours de travaux précédents, il a été montré que ces contrôles mettent en jeux des signalisations systémiques entre organes (probablement via le phloème) qui permettent d’ajuster la capacité fixatrice symbiotique à la demande en N de la plante. Pour l’instant, les signaux et les mécanismes mis en jeux restent cependant à découvrir. L'objectif du stage est de caractériser les cibles symbiotiques du signal systémique de régulation de la fixation par la demande N de la plante entière.

10h00 - Sana-Teber ROMDHANE (UMR LSTM, équipe MSNI) Rôle des lipopolysaccharides chez les Bradyrhizobium lors de la symbiose avec Aeschynomene

La symbiose légumineuse-rhizobium est le résultat d'une interaction spécifique entre la plante et des bactéries fixatrices d’azote, qui se manifeste par la formation de nodules. La mise en place de cette symbiose nécessite la synthèse des facteurs Nod par la bactérie qui contrôlent le processus d’infection et d’organogenèse nodulaire. Récemment, il a été découvert l’existence d’un nouveau processus symbiotique entre une légumineuse aquatique Aeschynomene et des Bradyrhizobium photosythétiques n’impliquant pas la synthèse des facteurs Nod par la bactérie. Les signaux moléculaires permettant l’établissement de cette symbiose nod-indépendante demeurent cependant non connus. Dernièrement, il a été décrit que la structure des LPS de deux souches des Bradyrhizobium photosynthétiques est inédite à 2 niveaux : i) la partie antigène-O est constituée d’un sucre unique dont la structure n’avait jamais été décrite dans la nature et ii) un hopanoïde est lié de manière covalente au Lipide A, ce qui n’avait jamais été observé jusqu’à ce jour chez une bactérie. Il a été proposé que cette nouvelle structure de LPS pourrait jouer un rôle dans l’établissement de cette symbiose Nod-indépendante. Afin de vérifier cette hypothèse, j’ai effectué durant mon stage de Master 2 au UMR LSTM des constructions de mutants affectés soit dans l’antigène-O soit dans le Lipide A et initié des expérimentations pour étudier l’impact de ces mutations sur le processus symbiotique. Durant cet exposé, je présenterai les résultats obtenus au cours de ce travail.

10h15 - Arthur POITOUT (UMR LSTM, équipe MSNI) Caractérisation du rôle de la CCaMK dans les étapes précoces de la colonisation du système racinaire d’A. evenia lors de la voie facteur Nod-indépendante

Chez les légumineuses modèles, la symbiose fixatrice d’azote s’établit selon une voie facteur Nod-dépendante qui aboutit à une colonisation intracellulaire du système racinaire. Aeschynomene evenia est une légumineuse aquatique qui a la faculté d’établir une symbiose fixatrice d’azote en suivant une voie facteur Nodindépendante ce qui en fait un modèle d’étude original. Ce processus d’infection se traduit par une colonisation intercellulaire du système racinaire par le partenaire bactérien. Chez les légumineuses modèles la CCaMK est une protéine kinase calcium et calmoduline-dépendante qui joue un rôle central dans les mécanismes qui permettent à la fois l’organogénèse nodulaire et la colonisation du système racinaire. Des études menées par le laboratoire ont montré l’importance de la CCaMK dans larégulation de l’organogenèse nodulaire chez A.evenia, cependant son implication lorsde la colonisation du système racinaire reste encore à démontrer.Dans cette optique, je réaliserai une analyse spatiotemporelle de l’expression du gènecodant la CCaMK puis j’observerai l’effet d’une construction RNAi pour le gèneAeCCaMK sur les étapes précoces du processus d’infection.

Pause Café

11h00 - Tristan RUBIO (UMR BGPI, équipe CaGeTE) Rôle de la salive du vecteur puceron dans la transmission du virus de la mosaïque du chou-fleur

Le Cauliflower mosaic virus (CaMV) est transmis d'une plante à une autre par des vecteurs pucerons selon le mode « non-circulant ». Ceci signifie que, lors de l'acquisition du virus pendant des piqûres intracellulaires du vecteur dans les tissus végétaux, les particules virales transmises sont retenues au niveau des stylets (la partie buccale du système digestif) du puceron d'où elles seront ultérieurement inoculées dans une nouvelle plante hôte. Le complexe transmissible du CaMV est composé du virion et des protéines viralesP3 et P2. P3 est associée à la capside du virus et P2, le facteur assistant de la transmission, interagit d'un côté avec P3 sur la capside et de l'autre côté avec un récepteur localisée dans les stylets, ainsi attachant le virus dans le vecteur. P2 et P3-virions sont séparées dans les cellules végétales infectées: 90% des virions localisent dans de nombreux corps d'inclusion viraux dénommés « usines virales », alors que la totalité de P2 localise dans une autre inclusion virale, dénommé corps à transmission ». Le TB réagit en quelques secondes à l'arrivée du puceron en accumulant tout d'abord de la tubuline puis en redistribuant la protéine P2 et les virions le long des microtubules dans la cellule. L'objectif est de définir le rôle de la salive dans l'activation du TB. Des protoplastes ou des feuilles infecté(e)s par le CaMV seront incubés ou infiltrées avec des extraits salivaires, des extraits de pucerons entiers et des protéines salivaires recombinantes afin d'éliciter l'activation du TB. Celle-ci sera détectée par immunofluorescence.

11h15 - Marlène CAROZZA (UMR CMAEE, équipe mycoplasme) Amélioration du potentiel vaccinant des vecteurs dérivés d’adénovirus pour les ruminants par ciblage des cellules dendritiques

Selon nos connaissances actuelles, seules les cellules dendritiques (CD) peuvent acquérir et présenter les antigènes de manière à initier des réponses immunitaires. Par conséquent, la capacité d’un vaccin à transférer l’antigène aux CD représente un facteur limitant l’efficacité des vaccins, et notamment des vecteurs viraux. L’adénovirus sérotype-5 (rAd5) non réplicatif est l’un des vecteurs vivants le plus efficace et donc l’un des plus utilisé à l’heure actuelle en vaccinologie. Néanmoins, des travaux récents sur souris ont montré que l’efficacité vaccinale de ce vecteur peut être sensiblement améliorée par ciblage des CD. L’objectif de la thèse est de valider cette approche sur ruminants dans le but de développer des vecteurs vaccinaux plus efficaces permettant d’améliorer le contrôle des maladies vétérinaires.

11h30 - Souhir SABRI (UMR BGPI, équipe Génomique et analyse moléculaire de la pathogénie des bactéries phytopathogènes) Etude biologique et structurale d'une nouvelle famille de peptides non ribosomaux produits par Xanthomonas oryzae, Xanthomonas translucens et Xanthomonas albilineans

Une analyse récente des séquences génomiques disponibles de souches de Xanthomonas a conduit à la découverte d'un nouveau locus NRPS, appelé META-B, qui est présent chez X. albilineans. De façon intéressante, ce locus est également présent chez deux pathovars de Xanthomonas oryzae qui sont respectivement responsables de deux maladies du riz très importantes d'un point de vue agronomique : la bactériose vasculaire du riz causée par X. oryzae pv. oryzae et la bactériose non-vasculaire du riz causée par X. oryzae pv. oryzicola. Le locus META-B est également présent chez Xanthomonas translucens, l'agent causal de la strie bactérienne du blé, une maladie importante notamment en Afrique. L'architecture des megaenzymes de META-B est souche-spécifique (les analyses in silico indiquent que chaque souche séquencée produit un peptide différent) et le locus META-B ne ressemble à aucun autre locus décrit à ce jour. La présence du locus NRPS META-B chez trois espèces de Xanthomonas phylogénétiquement distantes et associées à des plantes monocotylédones suggère que la nouvelle famille de petites molécules produite par ce locus pourrait jouer un rôle dans les interactions plante-bactérie. Ce projet de thèse a pour objectif d'isoler et de caractériser la structure et la fonction biologique des petites molécules produites par les loci NRPS META-B de X. oryzae, X. translucens et X. albilineans. Des souches sur-productrices seront construites par ingénierie génétique et les petites molécules seront récupérées et extraites à partir des surnageants de cultures de ces souches. Les peptides META-B, isolés par HPLC, seront utilisés pour les analyses structurales et les études biologiques. Leurs activités antibactériennes et antifongiques, et également pour leurs rôles putatifs dans les interactions plante-bactérie seront évalués.

11h45 - Cédric OUVRAY (UMR BGPI, équipe CaGeTE) Détermination des facteurs d'agressivité du CaMV sur Brassicaceae : recherche d'isolats symptomatiques et asymptomatiques in natura

De nombreuses études ont montré que les populations virales peuvent évoluer vers une plus grande agressivité pour un hôte à instant t. Afin de lutter plus efficacement contre les virus agressifs, il convient donc de ne pas limiter les recherches aux simples virus provoquant des modifications physiologiques de leurs hôtes mais bien à l’ensemble des composants des populations virales constituées de génotypes, provoquant des symptômes ou non. L’objectif de mon stage est donc de mettre en évidence les mutations qui rendent les isolats viraux symptomatiques ou non. Pour atteindre cet objectif, nous cherchons à isoler des génotypes de CaMV symptomatiques et asymptomatiques dans des Brassicaceae prélevées dans des parcelles cultivées (Brassica napus, B. rapa, B. oleacera, etc). Si de nouveaux génotypes de CaMV sont découverts, nous caractériserons leurs séquences et réaliserons des analyses bioinformatiques afin de mettre en évidence les modifications génétiques qui pourraient être responsables de la variation de l’agressivité du CaMV.

12h00 - Enrick MALOUVET (UMR BGPI, équipe CaGeTE) Identification des domaines de la protéine de transmission P2 impliqués dans la formation et le fonctionnement du corps à transmission du virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV)

La transmission est une étape critique dans la vie des virus, puisqu'elle seule permet la dissémination des virus d'un hôte à l'autre et dans l'environnement. Par conséquence, les virus ont développé des stratégies pour optimiser ce processus. Le virus de plante, étudié lors de ce stage, est le CaMV (Cauliflower mosaic virus), qui infecte le navet et autres Brassicaceae et qui est transmis par pucerons. La CaMV forme dans le cytoplasme des cellules des feuilles infectées des inclusions spécialisées dans la transmission de ce virus. Celles-ci sont les corps à transmission (CT). Ils sont composés des protéines virales P2 et P3 ainsi que quelques particules virales. La P2 est absolument nécessaire à la transmission, parce qu'elle lie les particules virales à un récepteur dans les pièces buccales du puceron (A). De plus, P2 doit être stockée obligatoirement dans le CT, parce que le CT « réagit » à la présence du vecteur en redistribuant P2 sur les microtubules. Ceci facilite l'acquisition du CaMV.


Pause déjeuner

Session 2 :  Les mystères de l’organisme

« Tout organisme est une mélodie qui se chante elle-même » M. Merleau-Ponty

13h30 - Introduction par le chairman: François Thiaucourt (UMR CMAEE, équipe mycoplasme)

13h45 - Sarah MOUAH (UMR LSTM, équipe ADASPIR) Etude génétique et phylogénétique des rhizobia en symbiose avec Acacia spirorbis de Nouvelle-Calédonie

Acacia spirorbis est une espèce de légumineuse endémique de la Nouvelle-Calédonie. Elle est capable de croitre et de présenter des traits invasifs sur différents types de sols tels que les sols ultramafiques, calcaires, siliceux. C’est une espèce qui s’adapte aux toxicités polymétalliques en particulier le nickel, cobalt et chrome, au déséquilibre Ca/Mg avec une forte teneur en magnésium et aussi aux sols pauvres en éléments nutritifs (N, P, K). L’objectif de l’étude est de comprendre le rôle des rhizobiums symbiotiques dans l’adaptation d’A. spirorbis aux différentes conditions du sol. Tout d’abord les symbiotes bactériens ont été isolés à partir de nodules collectés et aussi obtenus par la méthode de piégeage et caractérisés par analyse phylogénétique des gènes de ménage (recA, 16S) et des gènes symbiotiques (nodA, nifH, dnaK, glnll). Des tests d’efficience sont également réalisés. Les rhizobiums ont été caractérisés phénotypiquement pour analyser leur adaptation aux contraintes édaphiques des sols analysés. Les résultats montrent que cette espèce est un hôte ubiquiste, une forte préférence d’A. spirorbis a été notée pour les différentes espèces de Bradyrhizobium et une diversité est observée par rapport au mode d’isolement ainsi que l’origine du site dans lesquels ils ont été isolés. Des souches montrent également une tolérance aux métaux lourds, pH, ration Ca/Mg déséquilibré.

14h00 - Adrien LIES (UMR LSTM, équipe SRES) Diversité et rôle des bactéries associées à Tuber melanosporum

Le milieu trufficole (producteur de la truffe noire du Périgord, Tuber melanosporum) est riche de pratiques empiriques, parfois contradictoires, censées favoriser la production de truffes dont le volume ne cesse de décliner depuis plus d’un siècle. Les truffes sont des champignons ascomycètes mycorhiziens de l’ordre des Pezizales qui vont établir une interaction mutualiste (ou symbiose) avec les racines de leur plante hôte pour la formation de corps fructifères souterrains. La zone d’influence du système racinaire avec les éléments du sol et ses micro-organismes associés est appelée la rhizosphère. Lors d’une association symbiotique, elle est la zone privilégiée d’échanges de signaux et de nutriments entre les deux partenaires. Les échanges se font au sein de structures racinaires particulières, il s’agit de mycorhizes dans le cas de champignon, et plus précisément d’ectomycorhizes dans le cas de la truffe. Cependant des données majeures, comme la persistance de Tuber melanosporum dans les écosystèmes, son alimentation et surtout la production de l’ascocarpe, restent encore mal connues. Or Tuber melanosporum est au cœur d’un écosystème microbien et végétal, dont les composantes influencent sa formation et son développement. Dans ce cadre, nous cherchons à analyser la diversité et le rôle des communautés bactériennes cultivables associées aux ectomycorhizes, aux cultures de mycéliums et aux ascocarpes de Tuber melanosporum. Par des confrontations entre des bactéries isolées et Tuber melanosporum, nous observons les réponses phénotypiques au niveau de la croissance du champignon. Enfin des essais de mycorhization in vitro et en serre sont réalisés pour mettre en évidence l’effet de la bactérie sur le taux de mycorhization et éventuellement sur la croissance de la plante.

14h15 - Déborah CONFLON (UMR BGPI, équipe CaGeTE) Causes et conséquences du maintien d’ADN satellites dans les populations de bégomovirus

Certains virus de plantes apportent une assistance à des composants extra-génomiques pour leur réplication et leur mouvement. Ces composants appelés satellites ont été notamment décrits dans le genre Begomovirus qui contient plusieurs virus extrêmement dommageables pour les cultures et notamment le Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) sur tomate. Même si la souche invasive du TYLCV n’a jamais été détectée en présence de composants satellites, les résultats de la littérature révèlent que le TYLCV peut trans-répliquer des satellites d’origines géographiques très diverses et que leur présence aggrave considérablement les symptômes provoqués sur tomate. Un satellite ne peut survivre que s’il réussit à se maintenir en présence du virus assistant au niveau cellulaire. Nous émettons l’hypothèse que l’une des propriétés du satellite est précisément d’augmenter le niveau de co-infection cellulaire ce qui aurait non seulement un impact sur sa survie mais également sur les capacités d’évolution du virus assistant en lui offrant des conditions favorable à la recombinaison. La survie du satellite dépend également de sa capacité à être transmis par l’aleurode vecteur Bemisia tabaci.

14h30 - Julien RAYMOND (EBCL, équipe Recherche sur Abrostola asclepiadis) Abrostola asclepiadis possible agent de lutte contre Vincetoxicum en Amérique du Nord

Les dompte-venins (Vincetoxicum nigrum et V. rossicum) (Apocynaceae) sont des plantes invasives en zones prairiales et forestières d’Amérique du nord. Ces deux espèces sont indigènes d’Europe. Un programme de lutte biologique classique, initié en 2006 à l’EBCL, a pour vocation de rechercher et sélectionner les meilleurs agents de lutte pour envisager leur lâcher à terme dans la zone envahie. Depuis 2008, un inventaire d’auxiliaires phytophages potentiels a été dressé sur les dompte-venins de France (V. nigrum, V. hirundinaria). Ainsi, une chrysomèle (Chrysochus asclepiadeus) a tout d’abord été étudiée, mais a présenté un large spectre d’hôtes. Un nouveau candidat à l’étude est une noctuelle (Abrostola asclepiadis) qui a déjà fait l’objet de tests de spécificité depuis 2010. L’étude menée en 2013 s’orientera vers 1) une optimisation du développement larvaire en incubateur, 2) une compréhension des traits biologiques et comportementaux de l’insecte, et 3) une mise en place de tests de spécificité en milieu ouvert.

14h45 - Victor Lucas VICENTE DOS SANTOS (UMR CBGP et Université de Sao Paulo) Caractérisation morphologique et moléculaire des principales espèces de Phytoseiidae (Acari: Mesostigmata) utilisées dans les contrôles biologiques dans le monde

Les acariens de la famille Phitoseiidae sont considérés comme les principaux ennemis naturels des acariens ravageurs et autres parasites de plants, ils sont utilisés dans nombreux programmes de lutte biologique en plupart des régions de la planète. Actuellement, en raison de la recherche pour faire une l'agriculture moins d'impact sur l'environnement, et aussi que gère des produits de qualité, et en quantité suffisante pour répondre aux besoins du consommateur, l'utilisation des acariens dans les programmes de lutte biologique a il est très avantageux parce que ils gèrent efficacement leurs ennemis naturels et ne pas entraîner une augmentation du coût final de la nourriture. Par conséquent, l'identification précise des acariens est essentielle pour assurer le succès de ces programmes. Dans notre travail, nous disposons d’une « Polytomous Keys » d'identification disponible en ligne des principales espèces d’intéresse agronomique et commerciale, utilisée dans les programmes de lutte biologique. Les espèces présentes dans cette clé sont délimitées par une approche intégrative, résultant de l'intégration de données obtenues dans la caractérisation morphologique, moléculaire, compilation des descriptions originales et des données géographiques. Nous attendons que ce travail nous aide à identifier les espèces en question et en même temps il sert de base pour les autres versions ultérieures et plus complète.

 Pause Café

15h20 - Emilie DELETRE (UR Hortsys) Identification des composés répulsifs, irritants et/ou toxiques des huiles essentielles de citronnelle, de cannelle, de cumin et de thym sur les femelles d’

Les pyréthrinoïdes sont utilisés pour l'imprégnation des moustiquaires, principal outil pour réduire la transmission du paludisme. A cause de l'utilisation intensive des pyréthrinoïdes, particulièrement en agriculture, des populations résistantes d’Anopheles gambiae, vecteur majeur du paudisme, ont été sélectionnées. Des alternatives doivent donc être recherchées. Nos précédents travaux ont permis d’identifier des huiles essentielles (HE) de plantes comme alternatives potentielles aux pyréthrinoïdes.

L'objectif de cette étude était d'identifier les composants répulsifs, irritants et/ou insecticide des HE de citronnelle (Cymbopogon winterianus), de cannelle (Cinnamomum zeylanicum), de cumin (Cuminum cyminum) et de thym (Thymus vulgaris) sur les femelles d’An. gambiae. Chaque composé individuel et le mélange de ceux provenant de la même HE ont été testés ainsi que les quatre HE, le diéthyl toluamide (DEET) et la perméthrine. Pour tester la répulsion et l’irritation de contact des composés, les moustiques ont été mis dans la chambre traitée d’un cylindre divisé en deux parties (chambres traitée et non traitée) ; après dix minutes, la répartition des moustiques entre les deux chambres a été observée. Pour le test de répulsion, le même matériel a été utilisé mais les moustiques ne pouvaient pas entrer en contact avec le produit. L'effet insecticide a été testé selon le protocole de l’OMS.

Le DEET et la perméthrine ont montré un effet irritant et toxique mais pas répulsif. Le carvacrol (13,6% de l'HE de thym), le géraniol (22,5% de l'HE de citronnelle), le cuminaldéhyde (30,1% de l'HE de cumin) et le cinnamaldéhyde (78,5% de l'HE de cannelle) ont montré les meilleurs effets répulsifs et irritants parmi tous les produits testés. Aucun composant d’huile essentielle ne montre de toxicité seul. Par contre, certain mélange montre un effet insecticide. Ces résultats montrent que les effets d’un produit ne dépendent pas seulement du produit ou de sa famille chimique mais aussi de sa concentration. De plus, selon les HE les effets peuvent s’expliquer par un composé pur ou par un mélange de composés.

15h35 - Claire BERGIER (UMR CBGP, plateforme Biologie Moléculaire) Détection de leptospires pathogènes par qPCR chez les rongeurs d’Asie du Sud-Est pour estimer le risque de transmission des rongeurs à l’homme

L’Asie est reconnue comme étant un « hotspot » pour l’émergence de maladies infectieuses, dont de nombreuses zoonoses comme la leptospirose. En Asie du Sud-Est, cette maladie est un problème majeur de santé publique mais reste pourtant peu étudiée, en particulier dans la faune sauvage. Les rongeurs en sont le principal réservoir et l’homme s’infecte au contact de l’eau contaminée ou d’urine de rongeurs infectés. L’incidence de la leptospirose est saisonnière et l’infection est plus fréquente en zones rurales. Grâce au projet CERoPath (Ecologie des Communautés de Rongeurs et de leurs Pathogènes en Asie du Sud-Est), 940 rongeurs issus de sept localités (Thaïlande, Cambodge, Laos) ont déjà été testés pour la leptospirose grâce à la méthode de PCR quantitative que nous avons développée. Nous avons montré que le portage des leptospires chez les rongeurs est très variable selon les localités. En revanche, toutes les espèces de rongeurs qui ont été suffisamment échantillonnées se sont avérées être porteuses de leptospirose, la plupart du temps de souches pathogènes. L’objectif du stage est de compléter cette étude en déterminant par PCR quantitative (qPCR) le statut de 940 rongeurs vis-à-vis des leptospires pathogènes (gène lipL32). Les rongeurs à étudier proviennent des mêmes localités que pour l’étude précédente mais ont été échantillonnés pendant la saison sèche (étude précédente = en saison humide). Cette nouvelle étude permettra donc de mieux comprendre l’effet de la saisonnalité sur la prévalence des différentes espèces de leptospires. Les données obtenues seront ensuite corrélées à différentes variables (individuelles, écologiques, environnementales) afin d’en déduire les facteurs pouvant influencer la probabilité d’infection. Ces résultats compléteront les précédents pour une meilleure estimation des risques de transmission des leptospires des rongeurs à l’homme en intégrant le risque saisonnier.

15h50 - Juliana COMERLATO (UMR CMAEE, équipe Virologie) Dynamique d'infection d'un morbillivirus dans un modèle souris aux fins de développer de nouvelles molécules thérapeutiques et/ou des vaccins améliorés

Les morbillivirus sont responsables d'infections sévères chez l'homme et l'animal. Malgré l'existence de vaccins efficaces, ils ne peuvent traiter un individu déjà infecté et sont incapables, à ce jour, de discriminer individus infectés et vaccinés.  Le CIRAD travaille sur l'interférence ARN(RNAi) comme thérapie anti-morbillivirus visant les individus infectés et non protégés par la vaccination et sur le développement des vaccins marqueur depuis plusieurs années. D'excellents résultats in vitro avec le virus de la Peste des Petits Ruminants (PPRV) ont été. Cependant, la reproduction in vivo de ces résultats nécessite de développer un modèle d'épreuve infectieuse chez l'animal car l'utilisation de petits ruminants est extrêmement contraignante et couteuse. Dans ce contexte,  le développement d'un modèle souris dynamique d'infection par le virus PPRV, se fait nécessaire. L'objectif de la thèse est de produire une souris transgénique exprimant le récepteur SLAM de la chèvre (SLAM-goat) croisé avec la souris IFNAR -/- en vue de la rendre sensible à l'infection par le virus de la PPR (PPRV). Cette souris sera donc utile pour étudier les mécanismes de l'interférence ARN (RNAi) comme thérapie anti morbillivirus in vivo et caractériser la protection immunitaire dans un modèle de vaccination/épreuve infectieuse. Ce modèle animal servira également à suivre l'infection par PPRV à l'aide d'un virus marqué à la luciférase par génétique inverse (actuellement en cours de développement), capable d'être détecté par imagerie in vivo dans l'organisme infecté.


Vendredi 7 juin

Session 3 : Espèces d’espèces

« Ce n’est pas la plus forte, ni la plus intelligente des espèces qui survivra mais celle qui sera la plus apte à changer » C. Darwin

9h00 - Introduction par le chairman

9h15 - Sarah FRaNCOIS (UMR BGPI, équipe Biodiversité des phytovirus et quarantaine des plantes) Etude de la diversité et de la structure des populations des géminivirus associés aux Euphorbia caput-medusae sauvages de la région du Cap

Contexte Des travaux récents effectués dans l’équipe ont visé à analyser la diversité des virus à ADN simple brin présents au sein d’une collection de plantes collectées dans le fynbos d’Afrique du Sud. Ces travaux se sont traduits par la découverte d’un nouveau géminivirus infectant une euphorbe sauvage (Euphorbia caput-medusae). Trois génomes viraux obtenus à partir de trois euphorbes collectées dans la région du Western Cape (deux sur la localité de Yzerfontein et une sur la localité de Laaiplek située à 60 kilomètres au Nord d’Yzerfontein) ont été totalement séquencés. L’alignement de ces trois séquences nucléotidiques présente des niveaux de divergence extrêmement élevés (5-7% de divergence lors de la comparaison des souches deux à deux). Ces niveaux de divergence et l’apparente forte prévalence de ce virus parmi les Euphorbia caput-medusae de la région du Cap est intrigante et ne correspond pas à ce qui est globalement connu chez les géminivirus infectant les cultures agricoles avec généralement une faible diversité à l’échelle de la région. Par ailleurs, les premières analyses phylogénétiques que nous avons effectuées ont montré que ce géminivirus ne peut être rattaché à aucun des quatre genres actuellement décrits dans cette famille virale. Ce nouveau virus appartient donc probablement à un nouveau genre viral.

Objectif L’objectif principal du stage sera d’étudier la diversité et la structure des populations des géminivirus associés aux Euphorbia caput-medusae de la région du Cap. Une collection de 300 euphorbes collectées en 2012 sur 8 localités de la région du Cap sera mise à disposition du stagiaire. Il s’agira d’étudier la prévalence du géminivirus au sein de cette collection, d’amplifier et séquencer les génomes des virus détectés parmi les 300 euphorbes sauvages, puis d’analyser la structure des populations du virus.

9h30 - Pauline BERNARDO (UMR BGPI, équipe Biodiversité des phytovirus et quarantaine des plantes) New insights into the evolutionary history of geminiviruses derived through the discovery of new highly divergent geminivirus species

During a large scale “non a priori” survey in 2010 of South African plant-infecting single stranded DNA viruses, a highly divergent geminivirus genome was isolated from an uncultivated spurge, Euphorbia caput-medusae. In addition to being infectious in E. caput-medusae, the cloned viral genome was also infectious in tomato and Nicotiana benthamiana. The virus, named Euphorbia caput-medusae Latent virus (EcmLV) due to the absence of infection symptoms displayed by its natural host, caused severe symptoms in both tomato and N. benthamiana. The genome organization of EcmLV is unique amongst geminiviruses and it likely expresses at least two proteins without any detectable homologues within public sequence databases. Although clearly a geminivirus, EcmLV is so divergent that we propose its placement within a new genus that we have tentatively named Capulavirus. Using a set of highly divergent geminiviruses genomes, it is apparent that recombination has likely been a primary process in the genus-level diversification of geminiviruses. It is also demonstrated how this insight, taken together with phylogenetic analyses of predicted coat protein and replication associated protein (Rep) amino acid sequences indicate that the most recent common ancestor of the geminiviruses was likely a dicot-infecting virus that, like modern day mastreviruses and becurtoviruses, expressed its Rep from a spliced complementary strand transcript.

9h45 - Richard GOUY (UMR CBGP) Phylogéographie et histoire évolutive d’une nouvelle lignée du genre Rattus (mammifères ; rongeurs) en Asie du sud-est

La tribu des Rattini comprend 35 genres pour 167 espèces de rats, habitant pour la plupart l’Asie du sud-est. Cet exceptionnel haut taux de diversification en Asie du sud-est est le résultat de plusieurs radiations adaptatives qui se sont produites ces dix derniers millions d’années. Ce sont des hôtes importants de pathogènes, mais leur identification reste difficile d’un point de vue morphologique. En effet, ceux-ci présentent une grande similarité morphologique au niveau inter-spécifique et une grande diversité morphologique au niveau intra-spécifique. Récemment, au sein du complexe Rattus rattus (rat noir), une nouvelle population (souche phylogénétique R3) a été mise génétiquement en évidence. Celle-ci semble isolée des autres populations de Rattus rattus. Les analyses génétiques faites sur de l’ADN mitochondrial contredisent celles faites sur de l’ADN nucléaire. En effet, l’ADN mitochondrial reconnaît trois lignées (R. sakeratensis, R. tanezumi et R3), tandis que l’ADN nucléaire ne reconnaît que deux lignées (R. sakeratensis et une lignée comprenant un mélange R.tanezumi/R3). La souche R3 est-elle alors bien une espèce distincte des autres populations ? L’objectif de ce mémoire est de caractériser les relations de parenté de cette nouvelle population au sein du complexe d’espèces Rattus rattus. L’établissement de la structure génétique de celle-ci permettra de mettre en évidence les mécanismes à l’origine de sa diversification et ainsi de reconstituer son histoire évolutive.

10h00 - Marine RANGER (UMR CBGP) Phylogéographie d'un lézard marocain : Acanthodactylus erythrurus

Le lézard Acanthodactylus Erythrurus a une aire de répartition au Maroc qui couvre l'ensemble des milieux méditerranéens au Nord de l'Atlas. Il y occupe une diversité de niches écologiques remarquable, et présente une grande diversité de phénotypes. On s'intéresse ici à essayer de comprendre les mécanismes évolutifs qui expliquent la diversité de niche et de phénotypes, ainsi que la façon dont la topographie du Maroc a déterminé l'histoire des populations. Pour cela, on dispose de données de séquence pour 10 marqueurs (nucléaires et mitochondriaux). Les premières analyses ont traité l'ADN mitochondrial, pour lequel on a construit des arbres phylogénétiques ainsi que des réseaux d'haplotypes. Des arbres sont aussi construits pour l'ADN nucléaire ultérieurement. Ensuite on utilise des techniques d'inférence démographique pour tenter de comprendre les mécanismes évolutifs sous-jacents.

Pause Café

10h30 - Nadine ALI (UMR CBGP, équipe Nématologie) Communautés des nématodes phytoparasites associés à l’olivier au Maroc

Les nématodes phytoparasites (NPP) sont des parasites majeurs des cultures. Sur olivier (Olea europaea), la situation sanitaire due à ces parasites est mal documentée à travers le monde. Cependant, ces parasites contribuent de manière importante aux pertes économiques dans les 10 pays les plus producteurs au monde, dont ceux du bassin méditerranéen (Espagne, Italie, Grèce, Tunisie, Maroc), et croissent avec l’intensification de la culture. Les NPP se trouvent partout en communautés dont la diversité et les structures varient en réponse aux forçages évolutifs, environnementaux et anthropiques.  Parmi les stratégies de gestion de ces parasites, la gestion de la diversité des communautés devant conduire à des communautés moins pathogènes est une piste de recherche très innovante. Cette étude, conduite dans le cadre du projet PESTOLIVE (Contribution of olive history for the management of soil-borne parasites in the Mediterranean basin ; financement ARIMNET) a eu pour objectif d’analyser la diversité des communautés de NPP sur olivier sauvage et cultivé au Maroc afin de comprendre les conséquences de la domestication et de l’anthropisation de l’olivier sur cette diversité. Pour ce faire, 220 échantillons ont été collectés en 2012 sur olivier cultivé et féral (sauvage issu de cultivé) dans l’ensemble des systèmes de production oléicole situés sur les piémonts atlasiens, ainsi que dans des zones d’olivier sauvage (O. europaea subsp. europaea dans le Rif et O. europaea subsp. maroccana dans le Haut-Atlas occidental). Les observations microscopiques reflètent une diversité importante des NPP, distribuée en 12 familles et 28 genres différents. Nos données montrent l’abondance des nématodes des genres Helicotylenchus, Rotylenchus, Pratylenchus et Meloidogyne, connus pour leurs dégâts en oléiculture méditerranéenne. L’incidence des caractéristiques géoclimatiques, de la féralité, de la culture et des conduites culturales sur les indices de biodiversité et sur la structure des communautés de NPP sont discutées.

10h45 - Loup RIMBAUD (UMR BGPI, équipe Epi2V) Estimation expérimentale de paramètres clés pour la modélisation de stratégies de gestion d’une épidémie virale

Les épidémies sont souvent gérées par des stratégies basées sur des opinions d’experts, plutôt que sur une modélisation formelle des processus biologiques et des interventions humaines qui s’y ajoutent. Cependant, lorsqu’il est difficile d’expérimenter de nouvelles méthodes, il devient complexe d’optimiser ces stratégies de gestion. Ma thèse vise à modéliser conjointement un processus épidémique dans un paysage hétérogène et une gamme de stratégies de gestion innovantes. De plus, les impacts de ces stratégies seront évalués in silico afin d’en identifier les variantes optimales. Les paramètres clés d’un tel modèle peuvent être identifiés par une analyse de sensibilité, et estimés, pour certains d’entre eux, grâce à l’expérimentation biologique ou l’analyse statistique de données épidémiques. Cette approche est appliquée à la gestion de la sharka, une maladie des Prunus, plus particulièrement des abricotiers, pêchers et pruniers. L’agent pathogène de la sharka, le Plum pox virus (PPV, un Potyvirus transmis par pucerons), est classé « organisme de quarantaine ». Ce statut, qui contraint considérablement les expérimentations (notamment en milieu naturel), fait de ce pathogène un excellent candidat pour s’appuyer sur la modélisation. Mes expérimentations initiales ont permis de modéliser la dynamique d’apparition des premiers symptômes et le potentiel infectieux de pêchers inoculés par pucerons avec 2 souches du PPV. Ces paramètres pourront être intégrés dans le modèle spatiotemporel de propagation de la sharka.

11h00 - Gillen IRUBETAGOYENA (UR Intrepid et Ifremer) L’aquaponie: une technique novatrice en aquaculture intégré

Le mot aquaponie provient de la combinaison des mots aquaculture et hydroponie. Il s’agit de circuits recirculés dans lesquels les eaux de rejets d’un élevage piscicole, riches en azote et phosphore principalement, et toxiques pour les poissons, sont traitées par la culture de végétaux. L’aquaponie est une technique innovante en aquaculture intégrée, et permet aujourd’hui de s’affranchir d’une partie des variations des conditions du milieu extérieur, de maîtriser les risques de contamination, et de recycler et valoriser les effluents polluants en créant une double activité. L’UMR Intrepid Cirad/Ifremer en partenariat avec le LEGTA de La Canourgue et l’ARDA Association pour le développement de l’aquaculture à l’île de la Réunion s’y intéresse depuis quelques années maintenant.
Ce stage a pour objectif d’identifier et de caractériser les flux de nutriments (N,P, Fe…) et les paramètres physico-chimiques qui interviennent dans deux systèmes d’aquaponie en eau douce (truite Arc-En-Ciel- salade au LEGTA de La Canourgue et Tilapia-plantes aromatiques à l’ARDA). Une mission complémentaire consiste à effectuer l’analyse économique (ARDA à l’île de la Réunion) d’un système en équilibre.



Session 4 :  La modélisation au service de la biologie

« Dans le vocabulaire des couturiers seulement, patron est synonyme de modèle. » R. d’Alost

11h15 - Introduction par le chairman: Gaël Thébaud (UMR BGPI, équipe Epi2V)

11h30 - Caroline TARDIVO (UR Green et UMR Innovation) Evaluation Intégrée des Systèmes Agricoles : quelles conditions d’usage pour l’aide à la concertation ?

Dans cette thèse, nous nous proposons d’analyser en quoi une démarche d’évaluation de la durabilité des systèmes agricoles peut favoriser les processus de concertation à l’échelle du territoire. La démarche d’évaluation que nous cherchons à appliquer possède des caractéristiques cohérentes avec la définition de durabilité que nous adoptons. Elle permet la prise en compte des interactions agriculture-territoire, l’intégration de différentes échelles spatiales et de différents critères environnementaux, économiques, et sociaux. Elle est de plus réalisée de manière participative et prospective, par le biais de la construction de scénarios. Une telle démarche, par l’ensemble de ces caractéristiques, peut être utilisée comme démarche de modélisation d’accompagnement. Elle favorise alors les processus de concertation entre acteurs d’un territoire, en les faisant évaluer de manière concertée différents scénarios d’évolution des systèmes agricoles sur leur territoire. C’est cette hypothèse que nous nous proposons de tester sur un territoire agricole de grandes cultures, le plateau de Valensole (Alpes de Haute Provence, France). La présentation réalisée dans le cadre du printemps de Baillarguet concernera la présentation de la problématique et de la démarche allant être mise en place. L’évaluation de la durabilité de l’agriculture nécessite aujourd’hui des démarches permettant de prendre en compte les liens entre l’agriculture et le territoire, les différentes échelles spatiales.

11h45 - Anne RELUN (UPR AGIRs) Modélisation spatio-temporelle de la propagation d'un agent pathogène dans une métapopulation porcine à l’aide de l’analyse de réseaux de contact : application au virus de la peste porcine africaine

La peste porcine africaine (PPA) est une maladie virale très contagieuse qui peut provoquer de fortes mortalités dans les populations de suidés naïves. Sa récente propagation dans le Caucase menace l’Europe et nécessite de se préparer à son introduction, notamment en identifiant les stratégies de contrôle qui permettent de minimiser l’impact économique et le nombre d’animaux abattus pour éradiquer la maladie. L’objectif principal de ce post-doctorat est d’analyser les réseaux de contacts intra- et inter-élevages porcins dans différents contextes épidémiologiques de manière à construire et paramétrer un modèle de propagation spatio-temporelle de la PPA. Pour ce faire, des données sur la démographie des populations de porc et les mouvements d’animaux entre élevages vont être récoltées à partir de bases de données nationales et d’entretiens réalisés auprès d’un échantillon d’éleveurs. Les différents types de réseaux identifiés seront ensuite intégrés dans un modèle de propagation qui permettra, à terme, d’évaluer différentes stratégies de contrôle.

12h00 - Agathe ALLIBERT (UMR CBGP) Intégrer l’information phylogéographique dans les modèles d’aire de distribution des espèces pour mieux évaluer les risques d’invasions biologiques

Les invasions biologiques sont aujourd’hui considérées comme la deuxième cause d'extinction d'espèces et d'appauvrissement de la diversité biologique après la destruction des habitats naturels. Du point de vue pratique, il est important de parvenir à une estimation fiable de la capacité de l’espèce envahissante à s’établir dans une nouvelle région et à développer des populations viables. Le sujet de stage porte sur l’intégration des informations phylogéographiques dans les modèles d’aire de distribution de différentes espèces de bioagresseurs. Les modèles biologiques retenus sont des carabes du genre Dendroctonus. Le travail consiste à prendre en compte les informations phylogéographiques afin d’identifier des sous-ensembles au sein de l’aire native, utiliser ces structures pour ajuster des modèles d’enveloppes climatiques et évaluer les divergences entre ces modèles et le modèle général ajusté sur les données couvrant l’ensemble de l’aire de distribution.

12h15 - Cédric LIPPENS (UMR CBGP) Détermination des routes d’invasions d’une espèce commensale par des approches bayésiennes et multi-variée sur des données moléculaires : le cas de la souris au Sénégal

Mus musculus domesticus (souris domestique) est probablement arrivée au Sénégal au 15e siècle avec le transport de marchandises en provenance d’Europe. Après être restée le long des côtes ces siècles derniers, elle semble avoir envahi l’intérieur du pays en suivant les routes commerciales (axes routiers). Le but de notre étude sera de déterminer la structure génétique (DAPC et phylogénie) et d’inférer des scenarii d’invasions à l’aide de méthodes de coalescence en approche bayésienne (DIYABC) en les confrontant aux données historiques.

12h30 - Hasina Lalaina RAKOTONIRAINY (UPR GREEN) Exploration sémantique des modèles socio-environnementaux

L'objectif de ce projet est de définir une méthode sémantique de spécification et de mise en œuvre des scénarios de simulation et des indicateurs que l'on souhaite suivre. En effet, les modèles socio-environnementaux que nous développons dans l'équipe peuvent être utilisés indifféremment pour tester des hypothèses scientifiques, faisant appel, par exemple, à des analyses de sensibilité, ou en appui à la concertation, faisant appel à de l'exploration prospective et participative de scénarios. Nous posons le postulat que pour remplir ces objectifs, il est nécessaire d'expliciter la structure de l'état du système indépendamment de la description et du paramétrage des dynamiques. C'est sur la base de cette structure de l'état du système qu'il sera possible de définir à la fois les scénarios possibles et les indicateurs. Cette hypothèse sera validée sur les problématiques de transfert de gestion des ressources renouvelables aux communautés locales à Madagascar où il s'agira de faire de l'analyse prospective et de l'exploration de modèles sur plus de 30 sites distincts, et sur la gestion foncière en Afrique de l’Ouest.

12h45 - Abdoulaye DIALLO (UPR GREEN) Modélisation multi-point de vue pour une approche multi-disciplinaire des socio-écosystèmes

Les socio-écosystèmes sont caractérisés par des dynamiques biophysiques, sociales ainsi que de leurs interactions. De ce fait, leur compréhension fait appel à la biologie, la physique, la sociologie, l’économie, l’agronomie, etc. Ainsi, la modélisation de tels systèmes nécessite, d’une part, la prise en compte des différents points de vue des thématiciens impliqués et, d’autre part l’articulation de ces différents points de vue. Chaque point de vue peut être considéré comme un modèle à part entière et leur articulation donne également un modèle multi-niveau sur la question étudiée. Mais, actuellement, il n’existe pas une méthode permettant une co-construction d’un modèle en partant de plusieurs modèles conceptuels disciplinaires. Ainsi donc, les travaux de notre thèse consistent à fournir des outils de modélisation multi-disciplinaire de ces types de système.

13h00 - Paulo PIMENTA (UPR GREEN) La représentation du processus en système multi-agent

Dans le contexte des systèmes socio-environnementaux comme systèmes complexes, la modélisation d'accompagnement (COMOD) est une approche permise par les évaluations de scenarios avec des indicateurs, des simulations et des jeux de rôles, et la validation de ces scenarios à partir d'un modèle informatique. Cependant, la spécification du processus de simulation doit devenir plus intuitive et interactive, pour permettre l’initialisation des modèles et faciliter l'analyse multi-échelle. La modélisation d'accompagnement a encore besoin des outils pour mieux représenter les processus étudiés. Ces outils, doivent, de plus, être indépendants de la plateforme du modèle, afin de définir les structures du modèle et des processus. Il existe tout de même les outils qui permettent générer les codes sources à partir d’une représentation graphique, comme UML. L’objectif de ce travail est donc d’expliciter comment la définition des états et des processus du modèle peuvent être représentés d'une manière plus intuitive, en discutant quels sont les formalismes/pseudo-formalismes capables de mieux représenter les processus d’un modèle.


Pot de clôture


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